计算化学公社

标题: ACE-Tyrosine-NME + glucose的RESP电荷计算问题 [打印本页]

作者
Author: beyond 时间: 2020-11-18 22:27
标题: ACE-Tyrosine-NME + glucose的RESP电荷计算问题
计算的分子是ACE-Tyrosine-NME + glucose，原子index分别是1-6 （ACE）， 7-26 （Tyrosine）， 27-32 （NME）， 33-54 （glucose）
一共有五个构象，由ORCA优化得来，Multiwfn版本是3.7 linux版，做了电荷constraints，试过2次，对结果有一些疑问。
constraints1 ： Tyrosine部分电荷为-0.194, glucose部分 0.194 (见附件resp_contraints1.out.gz)，得到的结果是
Tyrosine的电荷和是-0.196986，glucose部分电荷是0.19356

glucose部分还好，Tyrosine部分的电荷的差异是不是有点大，还是正常的，还是可以设定更强的constraints？

constraints 2：在constraints 1 的基础上，添加了ACE，NME都为0，这次的计算都没有收敛，得到的结果肯定是不可靠的。
是不是不能这样添加constraints呢？（resp_constraints2.out.gz）

谢谢！

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作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-19 06:09
我不知道trysine和glucose是怎么相连的，如果是非共价方式形成的复合物，不应当把二者弄到一起算RESP电荷。

我没有你的具体输入文件有些情况不好判断。

对于情况1，也尝试不考虑多构象，或者用one-stage方式拟合看看是什么情况

把ACE和NME分别约束成0原理上没问题，但鉴于当前难收敛因而结果不能用，尝试把二者总和设为0，或者尝试其一设为0。

PS：当前上传的out文件本身很小，没必要压缩

作者
Author: beyond 时间: 2020-11-19 08:13
本帖最后由 beyond 于 2020-11-19 08:15 编辑

sobereva 发表于 2020-11-19 06:09
我不知道trysine和glucose是怎么相连的，如果是非共价方式形成的复合物，不应当把二者弄到一起算RESP电荷。 ...

谢谢SOB！ tyrosine的OH是与glucose的C1共价相连的！

我尝试了一下只用一个molden文件，另外ACE与NME的电荷限制为0，Tyrsine为-0.194，glucose为0.194,
得到的结果还是不合理，出现了多个原子电荷为0的情况，如ACE的C=O基团。

其实在对另外一个分子UDP-Glucose做电荷限制的RESP拟合，也出现类似情况.

附件是一个ACE-Tyrosine-NME-Glucose的molden文件， (, 下载次数 Times of downloads: 4)

我的命令是：
~/programs/Multiwfn_3.7_bin_Linux/Multiwfn Tyr-Glc_5ps.molden << _EOF
7
18
6
1
chgcons.txt
1
y
q
_EOF

chgcons.txt为：
1-6,27-32 0
7-26 -0.194
33-54 0.194

麻烦SOB看一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-20 05:32

beyond 发表于 2020-11-19 08:13
谢谢SOB！ tyrosine的OH是与glucose的C1共价相连的！

我尝试了一下只用一个molden文件，另外ACE与NME ...

注意进入选项6设置电荷约束的时候屏幕上有提示
Note: For standard two-stage RESP fitting, below options only take effect for the first stage
手册里对选项6的介绍也写了
Option 6: This option is use to set charge constraint in "one-stage fitting" or the first step of "two-stage RESP fitting".
因此对于两步式拟合，第二步的时候自动不用电荷约束，这是因为自动判断的等价性约束和自定义的电荷约束很容易发生冲突。我估计这个应该是造成两步式拟合结果稍微偏离0.194的原因。

这是我用一步拟合得到的输出，没有约束1-6,27-32 0，结果中7~26的加和精确为0.194
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所以，当前应当通过选项2做一步式拟合。如果想实现两步式拟合的效果，应当按照下文末尾介绍的两次一步式拟合等效实现两步式拟合的方式来做，这样充分可控
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: beyond 时间: 2020-11-21 03:11

sobereva 发表于 2020-11-20 05:32
注意进入选项6设置电荷约束的时候屏幕上有提示
Note: For standard two-stage RESP fitting, below opt ...

谢谢SOB！改用一步拟合之后，我也得到了预期的结果！

那我就改用你帖子里面的方法来做吧，有问题再请教！

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