计算化学公社

标题: 关于审稿人询问自旋污染的问题 [打印本页]

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LZLLLL    时间: 2020-11-19 16:23
标题: 关于审稿人询问自旋污染的问题
审稿人问The authors considered different spin states for each metal center: have they checked the stability of the wavefunction and spin contamination in each structure?
我是用B3LYP/6-311G*,对过渡金属用的SDD基组优化的结构,而且结构都用stable=opt查看过波函数稳定性,都是稳定的,但是自旋污染要怎么查看呢?我翻了之前关于自旋污染的帖子,三重态的结构最终的输出 S**2 before annihilation     2.6160,   after     2.0203,   在2左右应该是可以忽略自旋污染的吧?那么该如何回复审稿人呢?

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sobereva    时间: 2020-11-20 04:01
你就把<S**2>告诉审稿人,说偏离理想值非常小,自旋污染可以忽略
作者
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LZLLLL    时间: 2020-11-20 13:11
sobereva 发表于 2020-11-20 04:01
你就把告诉审稿人,说偏离理想值非常小,自旋污染可以忽略

好的,谢谢Sob老师
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csu-77    时间: 2023-11-28 21:11
借楼请教sob老师几个问题,先行感谢,近期论文收到了一条这样的审稿意见如下——“It is unclear why the authors chose the B3LYP functional, which is known for its limitations in describing transition metal complexes. This choice should be justified through a comparison with one or two other functionals or by citing relevant literature reports. Additionally, since the systems in this study have open-shell characteristics, the discussion should address spin contamination in the context of these systems.”

具体请教问题如下:
1)学生在做过渡金属(钴和锰)萃取的计算过程中,采用B3LYP-D3BJ/6-311G*进行的几何优化和振动分析,采用M062x-D3/ma-TZVP进行的单点能计算(计算体系中包含阴离子结构),因为之前看过sob老师发布的一条评论,大致是:过渡金属萃取时,配合物中只有一个金属原子,用B3LYP也是可以接受的,所以针对上述审稿意见前半段的回复,可以直接引用一些过渡金属萃取过程计算用B3LYP泛函的文章,而不做不同泛函的对比嘛?
2)至于“Additionally, since the systems in this study have open-shell characteristics, the discussion should address spin contamination in the context of these systems.”,这个不知如何解答?还望得到老师的指导,万分感谢
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zjxitcc    时间: 2023-12-2 20:57
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-12-2 20:59 编辑
csu-77 发表于 2023-11-28 21:11
借楼请教sob老师几个问题,先行感谢,近期论文收到了一条这样的审稿意见如下——“It is unclear why the a ...

针对1) 前人“一些过渡金属萃取过程计算用B3LYP泛函的文章”不代表你也可以这么用、不代表你的体系也可以这么用,有些人瞎算算,审稿人没细看就给他混过去了。如果你不同泛函下几何结构很接近,审稿人自然不会过于刁难。

针对2) 像Sob在2L的回答那样,你先在文章SI里加上每个物种的<S**2>值,然后说一下自旋污染情况。稍微严谨一些的话,可以挑自旋污染最大的一两个物种算一下CCSD的T1诊断值,如果很小,审稿人往往就不会刁难你了。




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