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标题: QE中电荷分布的计算求助 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2020-11-19 20:30
标题: QE中电荷分布的计算求助
老师，
      1. 我首先优化了MgAl2O4(111)的结构
      2. 然后对其进行了scf计算，
   请问怎样其计算电荷分布呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-11-19 22:43
参考pp.x的手册（plot_num=17）。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-11-20 09:42
本帖最后由风飞于 2020-11-20 10:48 编辑

卡开发发发表于 2020-11-19 22:43
参考pp.x的手册（plot_num=17）。

嗯，好的，谢谢老师，如下是我参照处理电荷密度写的电荷分布，麻烦您看看是否合适？此外，请问用什么工具可以查看这个电荷分布呢？

&INPUTPP
outdir='./tmp/',
prefix='111-A-scf',
plot_num=17,
spin_component=0
/
&PLOT
iflag=3,
output_format=6,
fileout='111-A-charg.cub',
nx=64,ny=64,nz=64
/

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-11-20 17:16

风飞发表于 2020-11-20 09:42
嗯，好的，谢谢老师，如下是我参照处理电荷密度写的电荷分布，麻烦您看看是否合适？此外，请问用什么工 ...

xrysden或者vesta应该都行，cub是否可以你可以看下手册。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-7 23:25

卡开发发发表于 2020-11-20 17:16
xrysden或者vesta应该都行，cub是否可以你可以看下手册。

老师，您好，我重新写了输入文件，如下：
&INPUTPP
prefix ='111-AW-scf',
outdir='./tmp',
plot_num=17,
filplot='AW-charge'
spin_component=0
/
&PLOT
nfile=1
weight(1)=1.0
iflag=3
weight(1)=1.0
output_format=5
fileout='AW-charge.xsf'
/

得到的输入文件如下：
我使用xcrysden和VESTAT打开，可还是看不到原子电荷，请老师再帮看看，

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-12-7 23:53
本帖最后由卡开发发于 2020-12-7 23:55 编辑

风飞发表于 2020-12-7 23:25
老师，您好，我重新写了输入文件，如下：
&INPUTPP
prefix ='111-AW-scf',

我还以为你说的是电子密度

原子电荷可以用projwfc.x做Lowdin电荷，当然pp.x也可以通过上面的密度做AIM电荷（需要借助Bader）。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-8 10:17

卡开发发发表于 2020-12-7 23:53
我还以为你说的是电子密度
原子电荷可以用projwfc.x做Lowdin电荷，当然pp.x也可以通过上面的密度做AI ...

嗯，好的谢谢老师，我再去试试

我想研究表面和吸附物质之间的电荷转移，请问用哪种合适呢？
我看到在文章中大多数用的Mulliken charges ，请问这三种电荷（Mulliken charges， Lowdin电荷，AIM电荷）有什么区别呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-12-8 11:09

风飞发表于 2020-12-8 10:17
嗯，好的谢谢老师，我再去试试

我想研究表面和吸附物质之间的电荷转移，请问用哪种合适呢？

不会吧，Mulliken大部分情况不咋地。卢老师有文章点评过各个原子电荷，论坛你可以搜索看看。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-8 11:39

卡开发发发表于 2020-12-8 11:09
不会吧，Mulliken大部分情况不咋地。卢老师有文章点评过各个原子电荷，论坛你可以搜索看看。

嗯，是的，那个帖子我也看了，所以也就有些迷惑了，可能我看的文章是明确标明说使用的是Mulliken charges的，而有些文章并没有标明，只是说转移了多少电子。

老师，刚刚写了如下DOS输入文件，是可以正常运行的
&DOS
prefix ='111-AW-scf',
outdir='./tmp',
fildos='AW_DOS.dos'
Emin=-9.0, Emax=15.0,
degauss=0.02,
/

但，我刚刚写了projwfc输入文件，却总是提示说错误：Error in routine do_projwfc (1): reading projwfc namelist
&PRJWFC
prefix ='111-AW-scf',
outdir='./tmp',
ngauss = 1,
DeltaE = 0.05,
Emin=-9.0, Emax=15.0,
degauss=0.02,
filpdos='AW_pdos',
filproj='AW_pdos',
/

输入命令如下：mpirun -np 38 projwfc.x <AW_pdos.in> AW_pdos.out

请问该怎样改呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-12-8 13:07

风飞发表于 2020-12-8 11:39
嗯，是的，那个帖子我也看了，所以也就有些迷惑了，可能我看的文章是明确标明说使用的是Mulliken charges ...

（1）projwfc

&PRJWFC

，这些还是好好看下例子。
（2）使用Bader和Mulliken的比较多，我认为多数是因为固体计算的程序自身提供或相关的教程比较多。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-8 13:30

卡开发发发表于 2020-12-8 13:07
（1）projwfc，这些还是好好看下例子。
（2）使用Bader和Mulliken的比较多，我认为多数是因为固体计 ...

，尴尬谢谢老师

嗯，好的，我正在使用bader来计算电荷

作者
Author: qzm 时间: 2023-1-20 14:53

风飞发表于 2020-12-8 13:30
，尴尬谢谢老师

嗯，好的，我正在使用bader来计算电荷

您好，我也想做一下，电荷转移数，的计算，您能说下具体的步骤吗？我以前用VASP计算用的Bader，不知道Qe的怎么弄

作者
Author: 杨凤磊 时间: 2023-1-31 16:35

qzm 发表于 2023-1-20 14:53
您好，我也想做一下，电荷转移数，的计算，您能说下具体的步骤吗？我以前用VASP计算用的Bader，不知道Qe ...

您好，您现在知道用QE怎么算Bader电荷了吗？

作者
Author: ChemG 时间: 2023-1-31 17:23

杨凤磊发表于 2023-1-31 16:35
您好，您现在知道用QE怎么算Bader电荷了吗？

极其简单的事儿，仔细看bader分析的页面，写的明明白白 http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-1-31 17:35

杨凤磊发表于 2023-1-31 16:35
您好，您现在知道用QE怎么算Bader电荷了吗？

理论上用Henkelman组的Bader程序配合QE的pp.x就能完成，与VASP的原理无异，即前提为计算使用PAW框架。
1、原理
Bader（AIM）电荷主要产生步骤有两步：
（1）划分原子盆
使用全电子密度，如果使用赝密度会导致产生假核临界点和错误划分。对PAW框架下可以得到冻芯近似下的全电子密度，在VASP中产生AECCAR0和AECCAR2通过chgsum.pl合并得到，在QE中的pp.x直接指定&INPUTPP/plot_num=21进行产生即可。
（2）对原子盆内的电子密度进行积分
使用赝密度进行积分，因为赝密度光滑一些积分噪声较小。对QE来说，pp.x指定&INPUTPP/plot_num=0产生即可。
2、输出格式
所以对于QE而言只要分别通过pp.x产生一个全电子密度和个赝电子密度的格点文件即可，需要注意的是，格点最好足够稠密保证格点数目和计算精度，另外输出格式原则上需要设置&PLOT->output_format=6输出Bader程序支持的cube格式（xsf格式我暂时不确定，可能是不支持）。
3、Bader程序
假定赝密度的格点文件为pschg.cube，全电子密度的格点文件为aechg.cube，1中描述的过程通过bader程序实现如下：

bader pschg.cube -ref aechg.cube

复制代码

作者
Author: 杨凤磊 时间: 2023-2-1 09:36

卡开发发发表于 2023-1-31 17:35
理论上用Henkelman组的Bader程序配合QE的pp.x就能完成，与VASP的原理无异，即前提为计算使用PAW框架。
1 ...

好的，谢谢卡开发发老师这么详细清楚的讲解，那我的不行了，我的计算都是用超软赝势算的，不是用的PAW赝势

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-2-1 11:17

杨凤磊发表于 2023-2-1 09:36
好的，谢谢卡开发发老师这么详细清楚的讲解，那我的不行了，我的计算都是用超软赝势算的，不是用的PAW赝 ...

PAW做一遍自洽再去做分析，影响应该不那么大，计算细节写清楚就行了。

作者
Author: 杨凤磊 时间: 2023-2-1 20:52

卡开发发发表于 2023-2-1 11:17
PAW做一遍自洽再去做分析，影响应该不那么大，计算细节写清楚就行了。

好的，好的，多谢指点

作者
Author: qzm 时间: 2023-2-2 19:29

卡开发发发表于 2023-1-31 17:35
理论上用Henkelman组的Bader程序配合QE的pp.x就能完成，与VASP的原理无异，即前提为计算使用PAW框架。
1 ...

非常感谢您无私的分享，我一会测试下

作者
Author: qzm 时间: 2023-3-17 21:20
本帖最后由 qzm 于 2023-3-17 21:58 编辑

卡开发发发表于 2023-1-31 17:35
理论上用Henkelman组的Bader程序配合QE的pp.x就能完成，与VASP的原理无异，即前提为计算使用PAW框架。
1 ...

首先谢谢卡卡老师无私的分享, 我已经计算出最终各原子所带的电荷，非常感谢！

作者
Author: r.wang 时间: 2024-9-5 10:08
本帖最后由 r.wang 于 2024-9-5 10:10 编辑

qzm 发表于 2023-1-20 14:53
您好，我也想做一下，电荷转移数，的计算，您能说下具体的步骤吗？我以前用VASP计算用的Bader，不知道Qe ...

作者
Author: r.wang 时间: 2024-9-26 10:44

卡开发发发表于 2023-1-31 17:35
理论上用Henkelman组的Bader程序配合QE的pp.x就能完成，与VASP的原理无异，即前提为计算使用PAW框架。
1 ...

你好老师，利用QE通过上述步骤生成ACF.dat AVF.dat BCF.dat之后，如何分析这几个输出文件呢？谢谢！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-9-26 14:15

r.wang 发表于 2024-9-26 10:44
你好老师，利用QE通过上述步骤生成ACF.dat AVF.dat BCF.dat之后，如何分析这几个输出文件呢？谢谢！

看你想得到哪方面信息，如果单就Bader的AIM charge，你可以看ACF.dat的信息，加上你离子芯的核电荷即可。

作者
Author: r.wang 时间: 2024-9-27 09:15

卡开发发发表于 2024-9-26 14:15
看你想得到哪方面信息，如果单就Bader的AIM charge，你可以看ACF.dat的信息，加上你离子芯的核电荷即可。

好嘞谢谢老师

作者
Author: r.wang 时间: 2024-10-31 10:15

卡开发发发表于 2023-1-31 17:35
理论上用Henkelman组的Bader程序配合QE的pp.x就能完成，与VASP的原理无异，即前提为计算使用PAW框架。
1 ...

老师，bader输出的文件如何可视化呢？想把每个原子附近的体积通过图片展示出来，得通过啥可视化软件呀。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-31 10:27

r.wang 发表于 2024-10-31 10:15
老师，bader输出的文件如何可视化呢？想把每个原子附近的体积通过图片展示出来，得通过啥可视化软件呀。
...

那么你可能需要用bader -p all_bader，这样会产生各个原子盆的信息，输出格式与输入电荷密度相同，可以是CHGCAR或者cube，两者你都可以通过vesta可视化。

作者
Author: r.wang 时间: 2024-10-31 11:05

卡开发发发表于 2024-10-31 10:27
那么你可能需要用bader -p all_bader，这样会产生各个原子盆的信息，输出格式与输入电荷密度相同，可以是 ...

谢谢老师

作者
Author: r.wang 时间: 2024-11-6 20:37

卡开发发发表于 2024-10-31 10:27
那么你可能需要用bader -p all_bader，这样会产生各个原子盆的信息，输出格式与输入电荷密度相同，可以是 ...

您好，方便给说一下bader -p all_bader具体过程吗？我用的是QE，谢谢大佬！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-11-7 02:22

r.wang 发表于 2024-11-6 20:37
您好，方便给说一下bader -p all_bader具体过程吗？我用的是QE，谢谢大佬！

和你做bader的参数一样，只不过额外加上-p all_bader选项。

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