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标题: 关于蛋白配体结合的稳定的判断问题 [打印本页]

作者
Author: 阿帅先森 时间: 2020-11-19 21:51
标题: 关于蛋白配体结合的稳定的判断问题
各位老师你们好，我做的是一个配体对接在蛋白上的不同的位点的MD模拟
我的蛋白是具有四个结构域的蛋白，其中结构域II比较柔性
我将配体对接至结构域III的不同位点上，以此来搜寻可能结合的最优位点
我计算了结构域I与结构域III的距离变化
请问各位老师，有一个体系的距离变化很平稳，这是否能够说明该位点体系的蛋白配体结合比较稳定，配体能够很好的稳定蛋白
或者是有其他办法能够判断最佳位点？
谢谢各位老师

作者
Author: 阿帅先森 时间: 2020-11-19 21:51
橙色为空白蛋白对照组，其他三条曲线为蛋白配体复合物体系组

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-20 04:26
I和III距离那么老远，怎么结合在III上、是否稳定，对于I和III之间的距离变化我不认为会有多明显的影响，也更不直接体现在这上面，除非从实际轨迹图像上能讨论出更多关于相互作用的信息来。
和III不同方式结合的稳定性可以做MMPBSA算结合自由能。

作者
Author: 阿帅先森 时间: 2020-11-20 11:55

sobereva 发表于 2020-11-20 04:26
I和III距离那么老远，怎么结合在III上、是否稳定，对于I和III之间的距离变化我不认为会有多明显的影响，也 ...

好的，谢谢老师，我计算下MMPBSA

作者
Author: 阿帅先森 时间: 2020-11-20 12:00
请问老师，我提取了结构域III在结合前后的RMSD值变化，橙色为空蛋白对照，紫色为蛋白复合物
请问老师，这是否可以说明配体结合后能使结构域III更为稳定，致密性更高

作者
Author: 阿帅先森 时间: 2020-11-20 12:03
橙色为空白蛋白体系结构域IIIRMSD值趋势，紫色为蛋白复合物体系

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-27 17:08

阿帅先森发表于 2020-11-20 12:03
橙色为空白蛋白体系结构域IIIRMSD值趋势，紫色为蛋白复合物体系

同一个问题别发到两个回帖里问，恰当使用编辑帖子的功能

不能说明，后期基本都没什么区别。跑个III的RMSF，看整体RMSF是否变小，倒是更可能能说明。

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