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标题: 蛋白质配体复合物中，配体位置限制为什么要去除氢，ndx文件对nvt的结果影响 [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2020-11-20 23:49
标题: 蛋白质配体复合物中，配体位置限制为什么要去除氢，ndx文件对nvt的结果影响
关于蛋白质配体复合物的配体限制问题

gmx make_ndx    -f jz4.gro    -o index_jz4.ndx

> 0 & ! a H*

> q

gmx genrestr    -f jz4.gro    -n index_jz4.ndx    -o posre_jz4.itp       -fc 1000 1000 1000

1.jz4是配体，为什么要将配体去除氢再去限制，这是有什么原因吗？

gmx grompp  -f nvt.mdp    -c em.gro       -r em.gro    -p topol.top    -n index.ndx    -o nvt.tpr
2.为什么要将受体和配体合并，然后生成对应的ndx文件。grompp引入ndx文件，和不引入ndx文件，会对结果有什么影响呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-21 04:41
1 不是非得去除氢，只不过给氢加位置限制不重要，只要限制住重原子就足够实现目的了

2 不引入ndx文件，则mdp里就没法用你自定义的组

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