计算化学公社

标题: openMolcas安装后运行报错 [打印本页]

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-11-23 15:14
标题: openMolcas安装后运行报错
编译好openmolcas后，运行pymolcas xxx.input会报错
"/home/wbh/soft/openMolcas/build" is not a valid MOLCAS installation
想问问要怎么解决呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-23 15:23
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-11-23 15:24 编辑

可能是MOLCAS环境变量没写对。export MOLCAS=一个目录，该目录/bin 下需存在alaska.exe等众多.exe文件。这个目录的位置取决于你的安装方式，例如可能是OpenMolcas/builds/intel_normal_omp_mkl，也可能是OpenMolcas/，这两个目录下可能都有bin目录，根据自己实际情况找找可执行文件的目录，然后修改。注意不要把bin也写到环境变量里。

至于pymolcas的位置则比较随意，它可以与.exe文件存放于不同的目录，也可以一样，只要求把存放pymolcas的目录导出环境变量export PATH=就行

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-11-23 15:32

zjxitcc 发表于 2020-11-23 15:23
可能是MOLCAS环境变量没写对。export MOLCAS=一个目录，该目录/bin 下需存在alaska.exe等众多.exe文件。这 ...

已经配置了export MOLCAS=/home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build, 这个目录下有\bin目录，里面都是exe可执行文件。在任意目录直接输入pymolcas可以看到
usage: pymolcas [options] [input_file | script ...]

MOLCAS has been found at /home/public/wbh/soft/OpenMolcas

positional arguments:
  input_file | script                   input file or script
  ...                                  additional arguments passed to the script

optional arguments:
  -h, --help                            show this help message and exit
  -s, --setup                            set up a custom molcasrc file with useful environment variables
  -env, --environment                   display information about environment
  -clean, --clean_scratch                clean scratch area after calculation
  -new, --new_scratch                   clean scratch area before calculation
  -old, --old_scratch                   reuse scratch area (default)
  -ign, --ignore_environment             run ignoring resource files
  -val, --validate                      validate input only (dry run)
  -np NPROCS, --nprocs NPROCS          number of parallel (MPI) processes
  -v, --version                         print version of the driver
  -o FILE, --output FILE                redirect output stream to FILE
  -e FILE, --error FILE                redirect error stream to FILE
  -oe FILE, -eo FILE, --outputerror FILE  redirect output and error streams to FILE
  -f, --files                            redirect output/error streams to standard files (*.log and *.err)
  -b BUFFER, --buffer BUFFER             buffer size for input/error files (-1: default, 0: none, 1: line, n: n bytes)
  --banner                               print banner (includes version and compilation info)
  --not-here                            do not try to find MOLCAS in the current directory (and parents)

但带上输入文件运行pymolcas xxx.input还是报错：

"/home/wbh/soft/openMolcas/build" is not a valid MOLCAS installation

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-23 15:43
你确定build, builds没有拼写错误？你执行ls 路径看下，确定拼写无误

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-11-23 15:46
本帖最后由 thanhtam 于 2020-11-23 15:54 编辑

你是不是把OpenMolcas的大小写拼错了
而且到底是/home/public/wbh还是/home/wbh？

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-11-23 15:55

zjxitcc 发表于 2020-11-23 15:43
你确定build, builds没有拼写错误？你执行ls 路径看下，确定拼写无误

没有，build就是我编译时创建的目录。

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-11-23 15:56

thanhtam 发表于 2020-11-23 15:46
你是不是把OpenMolcas的大小写拼错了
而且到底是/home/public/wbh还是/home/wbh？

你是指哪里的拼写？

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-11-23 15:59

wxhwbh 发表于 2020-11-23 15:56
你是指哪里的拼写？

你写的环境变量是export MOLCAS=/home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build
但是报错是"/home/wbh/soft/openMolcas/build" is not a valid MOLCAS installation

这俩路径不一样啊，后者是哪里来的

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-11-23 16:11

thanhtam 发表于 2020-11-23 15:59
你写的环境变量是export MOLCAS=/home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build
但是报错是"/home/wbh/soft/op ...

我的问题，报错是
"/home/public/wbh/soft/OpenMolcas" is not a valid MOLCAS installation

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-23 16:22
说实话，得看ls /home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build/bin的截图，和你export MOLCAS的截图，有图有证据

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-11-23 16:39

zjxitcc 发表于 2020-11-23 16:22
说实话，得看ls /home/public/wbh/soft/OpenMolcas/build/bin的截图，和你export MOLCAS的截图，有图有证据 ...

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作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-23 17:06

wxhwbh 发表于 2020-11-23 16:39

你再echo $MOLCAS看看，或者退出节点再登录试试，我目前只能这么猜了。

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-11-23 19:52

zjxitcc 发表于 2020-11-23 17:06
你再echo $MOLCAS看看，或者退出节点再登录试试，我目前只能这么猜了。

谢谢，不过echo还是build的地址，重新登录也是老样子。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-11-23 19:59

wxhwbh 发表于 2020-11-23 19:52
谢谢，不过echo还是build的地址，重新登录也是老样子。

有没试过把build下的内容全删掉，重新编译一遍？因为如果之前有编译失败的话，产生的Makefile文件里会含有以往的路径信息，不知道对你有没影响。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-12-1 22:31
俺也编译了一个OpenMolcas，遇到了同样的问题，不知楼主解决没有。

这里的问题在于，不论echo $MOLCAS的结果为何，pymolcas认为的MOLCAS环境变量的值始终不变，而且并不是等于“以往“的设置，而是等于OpenMolcas源代码所在目录。。。重启也没用
然后我看了一下pymolcas源码里面的逻辑，发现就是一个简单的os.environ.get()
这就非常令人费解了……

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-1 23:27
楼上和题主不如说说自己的OpenMolcas版本，linux系统版本，python版本，说不定有共通之处。

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-12-2 11:51

hebrewsnabla 发表于 2020-12-1 22:31
俺也编译了一个OpenMolcas，遇到了同样的问题，不知楼主解决没有。

这里的问题在于，不论echo $MOLCAS的 ...

我也没有解决。我的系统是CentOS 7.6，python版本是3.8.3，molcas版本不知道在哪里看，不过就是最近下的。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-12-2 16:11
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-12-2 16:25 编辑

我是最新的OpenMolcas, python 3.8.6, 系统是滚动更新的ArchLinux，内核版本5.9.10。
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破案了，需要加上--not-here选项，来禁止pymolcas优先在此目录的父目录寻找molcas。因为我是在源码目录中的test运行测试的，所以总是轮不到环境变量。

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2021-12-21 17:55

hebrewsnabla 发表于 2020-12-2 16:11
我是最新的OpenMolcas, python 3.8.6, 系统是滚动更新的ArchLinux，内核版本5.9.10。
------------------
...

您可以再详细的说一下怎么解决的么？--not-here不能放到bashrc中。我也遇到同样的问题了

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2021-12-21 20:21

ZZU_SCU 发表于 2021-12-21 17:55
您可以再详细的说一下怎么解决的么？--not-here不能放到bashrc中。我也遇到同样的问题了

--not-here 是运行pymolcas测试时候的选项

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2021-12-21 21:04

hebrewsnabla 发表于 2021-12-21 20:21
--not-here 是运行pymolcas测试时候的选项

谢谢您的指导，我的问题可能不是这个，我重新安装试试

作者
Author: lijingbai2009 时间: 2022-5-14 21:32

wxhwbh 发表于 2020-11-23 16:39

你这个截图中，bin里并没有pymolcas。这是一个常见的安装bug，OpenMolcas会把pymolcas安装到别的默认文件夹里，我记得我之前是在python的bin里找到的。然后把pymolcas移动到molcas的bin里，可能就没问题了。这也印证了直接运行pymolcas要加 --not here

作者
Author: jiahui 时间: 2024-5-13 19:34

hebrewsnabla 发表于 2020-12-1 22:31
俺也编译了一个OpenMolcas，遇到了同样的问题，不知楼主解决没有。

这里的问题在于，不论echo $MOLCAS的 ...

您好，我也遇到了这个问题，您解决了吗？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2024-5-13 19:37

jiahui 发表于 2024-5-13 19:34
您好，我也遇到了这个问题，您解决了吗？

见18楼。

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