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标题: 分子动力学的结果，如何挖出感兴趣的进行量化计算？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-24 22:43
标题: 分子动力学的结果，如何挖出感兴趣的进行量化计算？
目前运行一个分子动力学体系，计算了蛋白质和小分子之间的相互作用。Gromacs计算完成后，如何操作挖出感兴趣的官能团，然后进行量化计算？谢谢各位老师。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-24 23:13
你指的是怎么判断哪些官能团是你感兴趣的，还是说你已经知道哪些感兴趣了，想问怎么挖出来？
另外，你是想做QM计算还是想做QM/MM计算？

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-25 09:27

wzkchem5 发表于 2020-11-24 23:13
你指的是怎么判断哪些官能团是你感兴趣的，还是说你已经知道哪些感兴趣了，想问怎么挖出来？
另外，你是想 ...

谢谢！已经感兴趣的官能团。已知有两种方法，一种是QM/MM方法，另外一种是以感兴趣的小分子为半径，挖出来周边官能团，我倾向于后者。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-27 10:04
一般就是用VMD的same resid as within xxx of resid yyy把特定选区保存成新文件，其中xxx是保留的半径（残基任意一个原子距离小分子任意一个原子小于xxx则整个残基就被保留），yyy是小分子残基号。之后再用GaussView对边界做适当的修改，弄成合理的模型体系。

作者
Author: lao7 时间: 2020-11-27 10:30

sobereva 发表于 2020-11-27 10:04
一般就是用VMD的same resid as within xxx of resid yyy把特定选区保存成新文件，其中xxx是保留的半径（残 ...

谢谢SOB. 我试着弄一下！

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