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标题: 单分子周期性退火报错“OpenMP threads have been requested with cut-off scheme ... [打印本页]

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-11-25 21:08
标题: 单分子周期性退火报错“OpenMP threads have been requested with cut-off scheme ...

在笔记本的虚拟机上进行单分子的周期性退火模拟时，输入“gmx mdrun -v -deffnm md”后出现下面的错误：

…… …… ……

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Program: gmx mdrun, version 2018.4

Sourcefile: src/gromacs/taskassignment/resourcedivision.cpp (line 789)

Fatalerror:

OpenMPthreads have been requested with cut-off scheme Group, but these are onlysupported with cut-off scheme Verlet

For moreinformation and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website athttp://www.gromacs.org/Documentation/Errors

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对非周期性系统，“cutoff-scheme = group”是必须的啊，为什么不能用OpenMP呢？用“cutoff-scheme = Verlet”运行周期性系统没有问题。
请高手指教此时应该怎么写输入命令呢。谢谢。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-11-27 04:54
因为group年久失修，Gromacs已经不支持真空模拟了，换别的吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-27 09:58
group没有用OpenMP做并行化
尝试只用thread-mpi方式并行，写上-ntomp 1
要么用PBC模拟，设足够大的真空区

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-11-27 21:34
感谢wuzhiyi的回复，懂了。
感谢社长的详细解答，我试试。

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