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标题: 可视化的最低能量路径绘制程序MEPplot测试版本发布 [打印本页]

作者
Author: chenxin199261 时间: 2020-11-27 09:24
标题: 可视化的最低能量路径绘制程序MEPplot测试版本发布
本帖最后由 chenxin199261 于 2020-11-27 09:41 编辑

各位同仁，大家好。
最近我开发了一个能量最低路径绘制的可视化程序，它叫MEPplot。
该程序能在势能面（自由能面）上绘制最低能量路径。
程序包已经编译好，下载rar解压后就可以运行。

绘制能量最低路径在计算化学与分子动力学模拟领域有一定的需求。截至目前（2020年11月26），我暂时没发现一个集成的软件包可以处理。
该程序基于 string method。在几年前我发布过一个指令行版本，该版本难用而且不稳健。因此将几年前的程序做可视化并且对算法稳定性进行修改。

他还在测试过程中，可能有一些bug和设计缺陷。恳请各位同行在本贴下方提出问题，或者在项目的GitHub issue区提交问题。

程序发布网页：
https://github.com/chenxin199261/MEPplot

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-11-27 09:37
string容易收敛到局部极小值，您可以考虑调用MULE试试
http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html

作者
Author: chenxin199261 时间: 2020-11-27 09:39

fhh2626 发表于 2020-11-27 09:37
string容易收敛到局部极小值，您可以考虑调用MULE试试
http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html

谢谢提醒，我做的是有可视化界面的，而且我不是找极小值点

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-27 09:43
mega被wall了， github上这句建议改一下

For users in mainland China (GitHub is slow), please use the following address:
https://mega.nz/folder/hsVzVSKT#3IEzoJZzkmEQZJACTAEcMQ

作者
Author: chenxin199261 时间: 2020-11-27 09:45

sobereva 发表于 2020-11-27 09:43
mega被wall了， github上这句建议改一下

For users in mainland China (GitHub is slow), please use th ...

唉，测试下，真的被wall了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-11-27 10:23

chenxin199261 发表于 2020-11-27 09:39
谢谢提醒，我做的是有可视化界面的，而且我不是找极小值点

路径的局部极小值

作者
Author: chenxin199261 时间: 2020-11-27 10:34

fhh2626 发表于 2020-11-27 10:23
路径的局部极小值

我的程序对着图像把初猜做好，弦就不会落入minima.

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-11-28 02:47
我之前用MEPSearcher时有一个小问题。我当时用的collective variable是两个二面角，程序的输出中用的是弧度制。我用MEPSearcher时就报错了。我当时觉得可能是出现了数值不稳定，就自己写了个awk脚本把弧度制转成角度制，再使用MEPSearcher，才没有报错的。

作者
Author: chenxin199261 时间: 2020-11-29 18:32

Daniel_Arndt 发表于 2020-11-28 02:47
我之前用MEPSearcher时有一个小问题。我当时用的collective variable是两个二面角，程序的输出中用的是弧度 ...

我师弟也是同样问题，他用的是极坐标。后来在excel里面转成直角坐标。
不建议再用MEPsearcher了。直接用这个可视化程序就好了。
如果用的人多，我后续会添加极坐标、左边转换等功能。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-9-8 11:27

chenxin199261 发表于 2020-11-29 18:32
我师弟也是同样问题，他用的是极坐标。后来在excel里面转成直角坐标。
不建议再用MEPsearcher了。直接用 ...

老师，MEPplot打算支持周期性反应坐标么？比如角度之类的CVs需要跨越边界来寻找MEP

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-4-2 15:21
先收藏了，感觉日后会用到，也不知道楼主还会关注这个程序吗

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