计算化学公社
标题: dmol3算三氧化二砷在Fe2O3表面的吸附氧化的过渡态时的报错问题 [打印本页]
作者Author: chenyanli 时间: 2020-11-27 10:37
标题: dmol3算三氧化二砷在Fe2O3表面的吸附氧化的过渡态时的报错问题
各位老师好，我现在用dmol3进行三氧化二砷在Fe2O3表面的吸附氧化的过渡态搜索，是按下列步骤进行的：
一：找出三氧化二砷在Fe2O3表面最稳定的吸附构型作为反应的初始态IM1；找出五氧化二砷在Fe2O3表面最稳定的吸附构型作为反应的最终态FS。
二：通过初始态结构构型和最终态的构型大体找一个中间体,并对其进行结构优化得IM2。
三：用IM1作为反应物，IM2作为产物，用LST/QST进行过渡态搜索并进行频率计算。但是在计算的时候老报错，下面是outmol文件中的警告和报错。
#Warning: no global confinement specs in BASFILE
Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Thermal smearing overrode tetrahedra Bloechl correction
Warning: Hessian file is not present for requested vibrational restart.
Warning: Existing Hessian file deleted.
Warning: at least C1 SYM file should be there for optgeom
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Signal Caught: 2
Peak memory usage: 1063720 kB on current thread
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 2:
Peak memory usage: 1090420 kB on current thread
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 3:
Peak memory usage: 1090044 kB on current thread
... Calling mpi_abort ...
下图是计算的xcd文件。请问各位老师有没有解决方法啊
作者Author: wzkchem5 时间: 2020-11-27 14:11
是说搜过渡态的时候就报错了吗？
试试直接从当前的最优过渡态结构出发，精修过渡态。
作者Author: 浪啊我是 时间: 2020-11-27 14:41
其实我觉得你的报错截图截得不够完整，如果可以的话最好把outmol文件发上来看看。
作者Author: 泡泡媛 时间: 2020-11-27 14:43
虽然不懂过渡态，但我感觉你要想让大佬们帮助解决问题，最好是把完整的参数截图还有完整的outmol文件发上来
作者Author: chenyanli 时间: 2020-11-28 21:40
嗯嗯，搜索过渡态的时候就报错了。老师您的意思是不是就是用目前的TS.xsd文件再进行过渡态的精修啊
作者Author: 卡开发发 时间: 2020-11-28 22:34
从这么多个CG path来看，大概率是路径猜测可能不太好或者LST/QST过程的收敛标准过高，导致搜索次数达到最大次数而出错的。一方面尽可能把反应路径猜测合理一些，一方面也不要指望通过LST/QST直接一次性就能找到个可靠的过渡态。在反应物产物合理的基础上可以以TS Search粗略提供一个过渡态，再通过TS Opt精修，这样会更合适。
作者Author: chenyanli 时间: 2020-12-1 09:51
嗯嗯好哒。老师在过渡态搜索时xtd文件中animation options里的end frame数值大小会有影响吗
作者Author: 卡开发发 时间: 2020-12-1 13:27
会有影响。
作者Author: chenyanli 时间: 2020-12-1 16:32
好哒老师，我试一下
作者Author: hopedream 时间: 2020-12-8 19:32
请问您描述的：通过初始态结构构型和最终态的构型大体找一个中间体,并对其进行结构优化得IM2。这个不就是过渡态吗？
作者Author: chenyanli 时间: 2020-12-9 15:36
这个是中间体，用中间体和反应物来进行过渡态搜索，找到的过渡态就是第一步的过渡态
作者Author: hopedream 时间: 2020-12-19 22:19
我看dmol3说明书里好像利用LST/QST搞一个反应路径，然后算一下频率，就把这个“中间体”作为反应物和生成物的过渡态，没有像您弄的这么麻烦，所以我有点不解，不知道按那个标准来，是不是因为您的反应物和生成物间含有多个虚频，有几个过渡态要优化呢？望指教
作者Author: chenyanli 时间: 2020-12-21 15:56
你说的这个应该和我说的这个是一样的，我计算的这个是中间体和反应物之间用LST/QST搞一个反应路径，找一个过渡态，中间体和生成物之间再找一个反应路径，找一个过渡态。
作者Author: kaier 时间: 2021-11-19 12:26
本帖最后由 kaier 于 2021-11-19 12:29 编辑
卡老师，想请教您一下这个frame是如何影响的？是否是设置越密，过渡态计算量越大，但可以找的更准呢？关于LST/QST搜索方法，max.number QST steps这个设置有什么讲究。我在算过渡态时候，发现如果只使用LST方法也可以找到过渡态，然后我再优化一下这个过渡态是否可以提高整个整个过渡态寻找速度？
还有个问题，如果单独计算过渡态频率，我使用了dft-d，要不要再勾选BSSE呢？
作者Author: 卡开发发 时间: 2021-11-19 14:14
frame会对LST的过程有影响，但要找准确不大建议通过LST/QST，建议先找到个粗略的结果（比如受力的标准适当放宽），然后算（部分）频率后用TS opt做比较稳妥。
另外BSSE仅限于单点能修正，但对DMol3不做精度损失也不严重。
作者Author: kaier 时间: 2021-11-23 16:52
谢谢老师回复。粗略找用dmol3提供的其他过渡态寻找算法是否会更快一些呢，比如LST/optimization。dmol3 过渡态搜索收敛标准好像没有单独列受力标准，只有个收敛质量，这里选个coarse是不是也可以，反正找到之后都要再做TS opt。
作者Author: 卡开发发 时间: 2021-11-23 18:02
力就是RMS converge那一项，在过渡态搜索的More选项中。可以适当降低，但不要降低截断半径、积分精度和SCF收敛标准等。如果不好找还可以试试用ASE调用NEB，方法其实有很多。
作者Author: kaier 时间: 2021-12-28 16:16
卡老师您好，按照之前的办法，dmol3中过渡态搜索基本都可以实现。但是做ts-optimization出现了一些问题。
1）频率分析出现了多个虚频，看之前卡老师的回答，是点开一个合适的虚频，文件夹内出现了一个振动模式的xtd，再点开过渡态xsd文件进行opt计算;我发现好像即使没有这个xtd也可以进行opt计算，或者点开别的虚频，生成了多个xtd，opt计算的input文件里面好像没有什么变化。是不是这样操作的呢
2）做ts-opt的时候，有时候outmol文件里面出现下面的内容，warning内容软件调整好还可以继续算（这个我搜到过卡老师之前的解答）；但是一旦同时出现最后几行，貌似算例就停止了，但是服务器上并没有停止计算，这是什么原因，怎么来调整合适呢。谢谢老师
Warning: Magnitude of eigenvalue 75 too small. Replaced by 0.000100
Warning: Magnitude of eigenvalue 76 too small. Replaced by 0.000100
Warning: Magnitude of eigenvalue 77 too small. Replaced by 0.000100
Warning: Magnitude of eigenvalue 78 too small. Replaced by 0.000100
Warning: Magnitude of eigenvalue 79 too small. Replaced by 0.000100
Warning: Magnitude of eigenvalue 80 too small. Replaced by 0.000100
Warning: Magnitude of eigenvalue 81 too small. Replaced by 0.000100
Warning: Magnitude of eigenvalue 82 too small. Replaced by 0.000100
Searching for Lambda that Maximizes Along the Lowest mode
Geometry optimization: predicted energy change is -0.015236 Ha
New Cartesian Coordinates Obtained by Inverse Iteration
Warning: Exceeded allowed number of iterative cycles in get_card
an internal coordinate may have approached 180 degrees,
new set of delocalized internals will be generated
Warning: Backtransformation failed
Message: New Coordinates will be constructed
作者Author: 卡开发发 时间: 2021-12-28 21:13
1、影响应该有，我记得应该会多写入一个初始的振动的Eigenvectors。另外是ts-opt而不是普通的opt，先明这点是否正确，
2、这个Warning来自于更新后的Hessian的Eigenvectors有些太小被替换，这个没关系，卡住的问题不妨把outmol传上来，freq建议不要用coarse grained的选项。
作者Author: kaier 时间: 2021-12-29 17:12
谢谢老师回答。
1.是ts-opt
2.outmol文件见附件；freq没有用coarse，不过在没有看到老师回答之前按默认设置的选过coarse，发现在服务器上freq的outmol写了dmol3 successful不再计算了，但是服务器任务没有停止，查看频率的时候，intensity全部为0
作者Author: 卡开发发 时间: 2021-12-29 21:34
intensity是0应该正常，DMol3的周期边界计算频率intensity似乎不太正常。这可能是某些bug，我不确定你Hessian计算的时候考虑了多少原子，要不适当增加Partial Hessian中的原子来保证Hessian初始猜测合理，如果还不行再看看将优化过程的最大步长和GDIIS的长度以及使用的坐标做一些调整。
| 欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) |
Powered by Discuz! X3.3 |