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标题: 文献中黏度的模拟求助 [打印本页]

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-27 20:35
标题: 文献中黏度的模拟求助
如图是一篇文献中关于低共熔溶剂黏度的模拟，请问有大神知道这是什么意思么？他说的0.04-0.24这个值是cos-accelerate吗？6-12个加速度振幅又是什么意思啊，他说的具体在mdp文件中怎么实现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-27 20:48
是cos-accelerate

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-28 09:41

sobereva 发表于 2020-11-27 20:48
是cos-accelerate

谢谢老师，那么这两句话怎么理解呢，具体在模拟中如何实现呢？希望各位大神指点

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-30 10:11

二饼妹发表于 2020-11-28 09:41
谢谢老师，那么这两句话怎么理解呢，具体在模拟中如何实现呢？希望各位大神指点

6-12我不清楚，可以发邮件问作者
反正肯定是在这个范围区间依次取一些值，每个跑10 ns模拟

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-11-30 20:50

sobereva 发表于 2020-11-30 10:11
6-12我不清楚，可以发邮件问作者
反正肯定是在这个范围区间依次取一些值，每个跑10 ns模拟

谢谢老师，我发过邮件了，但是没有得到回复。意思是将cos-acceleration在0.04-0.24内取6-12个不同的值，如取6个不同的值，就通过6个vis.mdp来实现，然后gmx grompp -f vis2.mdp -c vis1.gro -p xx.top -o vis2.tpr，每一次用的.gro文件都是上一次跑出来的，这样是对的么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-1 16:11

二饼妹发表于 2020-11-30 20:50
谢谢老师，我发过邮件了，但是没有得到回复。意思是将cos-acceleration在0.04-0.24内取6-12个不同的值， ...

每次都重新跑，不是基于上次的gro，否则不公平

作者
Author: 二饼妹 时间: 2020-12-1 21:53

sobereva 发表于 2020-12-1 16:11
每次都重新跑，不是基于上次的gro，否则不公平

谢谢老师，麻烦您再帮我看一下这段话，目前我的理解：在0.04-0.24内选取6-12个不同的cos-acceleration，分别进行10ns模拟取样（用的gro是平衡后的eq.gro），然后绘制不同的黏度关于cos-acceleration（即文中的Λ）值的图，当Λ=0时y轴的截距就是系统的黏度值。不知道这样理解是否正确？还请老师指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-2 07:48

二饼妹发表于 2020-12-1 21:53
谢谢老师，麻烦您再帮我看一下这段话，目前我的理解：在0.04-0.24内选取6-12个不同的cos-acceleration， ...

是

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