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标题: 求助：GROMACS运行grompp时出现Atomtype c3 not found,不知怎么解决 [打印本页]

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Author: someone66 时间: 2020-11-27 20:54
标题: 求助：GROMACS运行grompp时出现Atomtype c3 not found,不知怎么解决
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Author: sobereva 时间: 2020-11-28 07:12
显然[ atomtypes ]字段得在#include "97V.itp"之前引入。

诸如top这种文本文件，超过500KB的以后压缩后再上传，首页公告栏提示了。

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Author: someone66 时间: 2020-11-28 11:34
本帖最后由 someone66 于 2020-11-28 19:58 编辑

sobereva 发表于 2020-11-28 07:12
显然[ atomtypes ]字段得在#include "97V.itp"之前引入。

诸如top这种文本文件，超过500KB的以后压缩后 ...

好的，谢谢老师，下次一定注意。

我修改之后运行还是会出现如下错误命令
ERROR 179 [file 97V.itp, line 341]:
NO default LJ-14 types
ERROR 180 [file 97V.itp, line 342]:
NO default LJ-14 types

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Author: liuyuje714 时间: 2020-11-28 19:24
小分子itp你用的acpype，即对应的是amber/gaff力场，而你的蛋白直接用的gromos力场，这两者怎么能混合在一起用？必须统一采用相同的力场。

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Author: someone66 时间: 2020-11-28 19:56

liuyuje714 发表于 2020-11-28 19:24
小分子itp你用的acpype，即对应的是amber/gaff力场，而你的蛋白直接用的gromos力场，这两者怎么能混合在一 ...

哦，明白了，谢谢

作者
Author: someone66 时间: 2020-11-28 19:57

liuyuje714 发表于 2020-11-28 19:24
小分子itp你用的acpype，即对应的是amber/gaff力场，而你的蛋白直接用的gromos力场，这两者怎么能混合在一 ...

哦，明白了，谢谢

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