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标题: 求助：VMD的Color scale bar数值设定的小数位问题 [打印本页]

作者
Author: liaorongbao 时间: 2020-11-27 21:56
标题: 求助：VMD的Color scale bar数值设定的小数位问题
本帖最后由 liaorongbao 于 2020-11-27 22:00 编辑

Multwfn手册3.15.5用来做晶体的Hirshfeld surface分析的结果这是采用Multwfn.exe获得surf.cub和mapfunc.cub后，然后在vmd.exe中采用hirsh_rho.vmd指令显示的结果。
先讨论图1，读完手册后我的理解如下(请顺便给予纠正)：
1：surf.cub文件存储了各个立体元内电子的来源，对每个立体元本应有两个数据，加和为100%。当然，一个数据也可，因为另一个数据可由减法得到。
2：mapfunc.cub文件存储了各个立体元的电子密度数据。
3：按照Multwfn手册3.15.5 Special topic: Hirshfeld and Becke surface analyses以及hirsh_rho.vmd中的设置，此时显示的表面上任何一点处的电子有50%来自彩色包裹面内的片段分子。所以，面内的体积可看作片段占有的体积。蓝色电子密度小表示弱相互作用。红色表示强相互作用，本例可以看出强相互作用基本上都涉及氢键。
4：采用BWR显色，按照图1中的BWR刻度，面上的颜色纯蓝表示电子密度为0，纯红表示电子密度大于或等于0.05(推理纯白表示ρ=0.025).

实际上，图片上的颜色刻度本来是0.0到0.005，但是vmd.exe弹出的vmd main—Extensions—Visualization—Color Scale Bar中的Maximum scale value无法设定为0.005. 因此只好设为0.05，以便以后找人用PS软件做成0.005也很方便。若采用科学计数法，倒是可以任意设置数据，但感觉不好看，如图2.
我的求助问题：如何设置vmd软件让它愿意显示0.0到0.005呢？不想找人帮我用PS处理，很难找到

作者
Author: liaorongbao 时间: 2020-11-27 22:35
http://bbs.keinsci.com/thread-1655-1-1.html
在这个帖子里面找到了方法：
地址\VMD\plugins\noarch\tcl\colorscalebar1.4
修改这个文件的语句set labeltxt [format "% 7.2f" $cur_text]为set labeltxt [format "% 7.3f" $cur_text]
完成！
感谢这个帖子的Eming老哥哥

作者
Author: ChenHuan_ 时间: 2024-7-24 11:24
您好，我看您不同数值的scale bar下，图片的颜色没有变化，想跟您请教一下这个scale bar的数值是不是并不会影响图片的实际着色啊？
我最近跟着这个tutorial（https://bionano.physics.illinois ... -and-ion-conduction）算离子密度，发现在color scale bar里选择autoscale时，得到的scale bar的数值始终为0，但实际数密度是0~0.00603。当我手动输入scale的数值时，无论最大数值输入多少，数密度显示的颜色都不会变化。想跟您请教一下出现这个情况的原因，感谢。

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