计算化学公社

标题: 含Ge体系找过渡态没有虚频求助 [打印本页]

作者
Author: huozhong 时间: 2020-11-27 22:34
标题: 含Ge体系找过渡态没有虚频求助
143个原子，有机配体，配有一个主族金属Ge,
过渡态找了很久，这是现有最大的计算资源了。
%mem=30GB
%nprocshared=12

#p opt=(calcfc,ts,noeigen,gdiis) freq b3lyp/6-31g(d,p) empiricaldispersion=gd3bj int=ultrafine
就差一个第一个过渡态，收敛了，但是没有虚频：

请问是不是找错过渡态了？
http://sobereva.com/164 这里的前期也试了，具体不知用哪一个合适？
请问有没有办法让收敛的过渡态有虚频，为什么我找到的这个收敛了还没虚频？
着急！！！

不胜感激！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-28 07:55
以后标题里别带“急！”这种字，显得很浮躁，也破坏论坛气氛，给你去掉了，以后注意

显然首先考虑过渡态初猜不合适所致，尝试其它初猜结构

http://sobereva.com/164是讲怎么帮助几何优化收敛的，和你当前的问题毫无联系

如果缺乏过渡态搜索常识，看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-28 10:57
看不太出来你想算的过渡态是什么，不过是不是在Ge上的取代反应？
如果是的话，注意Ge的最大配位数可以到6，同样的反应在碳上面取代是过渡态，在Ge上面取代有可能是中间体。不要先入为主认为是过渡态，然后怪程序算错了，量化计算不是这么做的，如果先入为主的判断必须都对，还要量化计算干什么？
一开始认为是一个过渡态直接反应过去，结果发现有一个中间体，两边各有一个过渡态，这是很常见的现象。

作者
Author: huozhong 时间: 2020-11-28 11:10

wzkchem5 发表于 2020-11-28 10:57
看不太出来你想算的过渡态是什么，不过是不是在Ge上的取代反应？
如果是的话，注意Ge的最大配位数可以到6 ...

其实就是一个锗配合物的催化反应，第一步不知道是怎么反应的。因为吡啶与HBpin不反应，催化剂与吡啶不反应，催化剂与HBpin也不反应，但是三个放一起就反应了。现在就想知道第一步怎么进行的。猜了好几个结构（HBpin加成，复分解，三组分协同作用），都特别难收敛.我这个三组分协同的过渡态收敛了，但是没有虚频，所以不知道是不是初猜就不对，还是自己计算有问题。
您觉得第一步有可能是一种什么作用？三组分这个初猜Ge是四配位

谢谢您

作者
Author: huozhong 时间: 2020-11-28 11:10

sobereva 发表于 2020-11-28 07:55
以后标题里别带“急！”这种字，显得很浮躁，也破坏论坛气氛，给你去掉了，以后注意

显然首先考虑过渡态 ...

好的社长，以后一定注意！

作者
Author: huozhong 时间: 2020-11-28 11:11

huozhong 发表于 2020-11-28 11:10
其实就是一个锗配合物的催化反应，第一步不知道是怎么反应的。因为吡啶与HBpin不反应，催化剂与吡啶不反 ...

ts2收敛了，虚频振动方向也对

作者
Author: huozhong 时间: 2020-11-28 11:13

sobereva 发表于 2020-11-28 07:55
以后标题里别带“急！”这种字，显得很浮躁，也破坏论坛气氛，给你去掉了，以后注意

显然首先考虑过渡态 ...

最初从pm6 pm7开始尝试，总是报错Error termination request processed by link 9999.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-28 11:54

huozhong 发表于 2020-11-28 11:10
其实就是一个锗配合物的催化反应，第一步不知道是怎么反应的。因为吡啶与HBpin不反应，催化剂与吡啶不反 ...

试试把你现在优化出来的结构当成一个中间体，分别往前和往后做扫描，看是否能得到两个过渡态。
没有任何理由先入为主地相信Int-0到Int-1一定是一步反应。

作者
Author: huozhong 时间: 2020-11-28 14:33

wzkchem5 发表于 2020-11-28 11:54
试试把你现在优化出来的结构当成一个中间体，分别往前和往后做扫描，看是否能得到两个过渡态。
没有任何 ...

由衷感谢您的指导，我是新手。请问从现在收敛的结构忘两边扫描怎么输命令，谢谢谢谢～～～

作者
Author: huozhong 时间: 2020-11-28 14:41

wzkchem5 发表于 2020-11-28 11:54
试试把你现在优化出来的结构当成一个中间体，分别往前和往后做扫描，看是否能得到两个过渡态。
没有任何 ...

是跑IRC吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-28 15:46

huozhong 发表于 2020-11-28 14:33
由衷感谢您的指导，我是新手。请问从现在收敛的结构忘两边扫描怎么输命令，谢谢谢谢～～～

你现在的过渡态是怎么找的，往两边找过渡态用完全一样的办法就行

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-30 10:13

huozhong 发表于 2020-11-28 11:13
最初从pm6 pm7开始尝试，总是报错Error termination request processed by link 9999.

对这种体系pm6、pm7可靠性极低，也就对常见的主族元素可靠性还稍微高点
问lxxx这种报错毫无意义，仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
必须自己拿gview看优化轨迹，搞清楚到底发生了什么

作者
Author: huozhong 时间: 2020-11-30 23:54

sobereva 发表于 2020-11-30 10:13
对这种体系pm6、pm7可靠性极低，也就对常见的主族元素可靠性还稍微高点
问lxxx这种报错毫无意义，仔细看 ...

好的，谢谢卢老师

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