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标题: 求助：Multiwfn如何输出Hirshfeld surface面内包裹的体积？ [打印本页]

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Author: liaorongbao 时间: 2020-11-28 10:19
标题: 求助：Multiwfn如何输出Hirshfeld surface面内包裹的体积？
本帖最后由 liaorongbao 于 2020-11-28 10:52 编辑

Multwfn手册3.15.5 Special topic: Hirshfeld and Becke surface analyses部分可输出Hirshfeld面。
帖子图片是从晶体中取出团簇，采用Multiwfn输出surf.cub和mapfunc.cub，再依据Multiwfn提供的hirsh_rho.vmd控制文件在VMD软件中画出的图片
我的理解和想法如下，若不合理请路过的同行给予纠正

1. 按hirsh_rho.vmd文件的mol modstyle 1 top Isosurface 0.5 0 0 0 1 1语句，面上任意点处的电子50%来自面内片段(彩色表示各位点处的电子密度)，因此我认为可以近似地把面内的体积归属给面内的片段
2. 当前图上的彩色面内部包裹了一个单分子。这个分子的分子式是已知的，密度的实验数据也是已知的，因此单分子的体积可以由实验数据求得。
3. 如果认为彩色的Hirshfeld面内的体积都算作面内单分子的体积，那么就可以对比实验获得的单分子在晶体中的体积。这样可以让计算与实验数据联系起来。
4. 如果恰好计算与实验能够相互印证，就可以把彩色面内的形状近似看做单分子在晶体中占有空间的轮廓。
5. 需要解决的问题：当前版本的Multiwfn怎么获得Hirshfeld面内包裹的体积？
6. 把这个Hirshfeld面内包裹的体积看做单分子占有的晶体空间，但这个包裹面内部空间的电子密度实际上有可能不到0.001.。把这个包裹面包含的体积设为A，把包裹面内包含的密度为0.001的面内部占有的体积设为B，则A-B必为正。这个数值可以近似看作单分子造成的空隙么？(读到http://sobereva.com/408又补充了第六个问题，还没读完！)(还有http://sobereva.com/539)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-28 18:29
Hirshfeld surface做完之后屏幕上直接就给你体积了，取这个就完了，和普通的定量分子表面分析输出一样。下文的例子里也体现了
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

可以看做空隙

作者
Author: liaorongbao 时间: 2020-11-28 19:59
本帖最后由 liaorongbao 于 2020-11-28 20:06 编辑

sobereva 发表于 2020-11-28 18:29
Hirshfeld surface做完之后屏幕上直接就给你体积了，取这个就完了，和普通的定量分子表面分析输出一样。

...

Multiwfn.exe窗口的确给出了面内包裹的体积，是1133.09Angstrom^3. 另外还给出了密度21.81g/cm^3，这个数值的来源猜测是用当前团簇的全部质量除以Hirshfeld面内的体积得到的。是否应该改成手动选取的片段的质量除以片段的体积？我用团簇中取出的片段分子单独跑G16显示Molecular mass: 1064.02970 amu(若把片段分子式输到百度搜到的分子量网络计算器中得到1063.11 g/mol)。晶体衍射实验给出的密度是1.528g/cm^3，这样结合分子量1063.11得到的单分子体积(即对应片段体积)为1160Angstrom^3，与Multiwfn给出的1133Angstrom^3非常接近。我的当前团簇若看做分子则分子量是14883.6 g/mol，用这个数值除以体积1133.08Angstrom^3再除以6.02E+23再调整好量纲得到21.8。
顺便问一下：Gview中画好了结构能否让它直接给出分子量和Stoichiometry？非得用G16跑一遍才能给出么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-28 22:53

liaorongbao 发表于 2020-11-28 19:59
Multiwfn.exe窗口的确给出了面内包裹的体积，是1133.09Angstrom^3. 另外还给出了密度21.81g/cm^3，这个数 ...

载入文件时Multiwfn在屏幕上直接就告诉你质量啊，干嘛还要用Gaussian去跑
你要获得等值面内包围的部分的分子质量，直接把团簇那部分挖出来保存成xyz、pdb之类的文件，再载入Multiwfn就完了

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