计算化学公社

标题: 高斯中ONIOM计算优化电荷问题求助 [打印本页]

作者
Author: 段时间 时间: 2020-11-28 13:32
标题: 高斯中ONIOM计算优化电荷问题求助
大家好！做ONIOM计算，已经把未分配电荷的有机环（高层）单独提出计算ESP charges,手动添加。
现在想优化高层附近低层氨基酸的电荷，我的计算方法：把想要优化的氨基酸选中作为高层，其余为低层关键词为（#p oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst)=embedcharge nosymm geom=connectivity pop=mk），输出的.log文件中把所有电荷均输出而非只有高层。且整个体系电荷为0，计算结果中总ESP charge为8多。
问题：断键一般从C-C单键处断裂，而我选中整个氨基酸相当于C-N单键处断不知是否可以；
如何确保计算电荷的输出文件与输入文件顺序一样，这样能手动准确添加电荷
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-28 18:25
我不知道你的结构是什么样。氨基酸在AMBER力场中都有预定义的电荷，根本没必要自己算。就算自己算，也没必要还把氨基酸弄什么高层、用ONIOM，直接当个普通体系算照常算电荷就完了，如下文（边界需要人为饱和）
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: 段时间 时间: 2020-12-1 19:15

sobereva 发表于 2020-11-28 18:25
我不知道你的结构是什么样。氨基酸在AMBER力场中都有预定义的电荷，根本没必要自己算。就算自己算，也没必 ...

谢谢老师，氨基酸的电荷确实自己已经识别了，是有建议把高层周围的氨基酸电荷优化一下
我按照您这个帖子试试

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)