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标题: 蛋白质在表面的吸附问题 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2020-11-28 15:42
标题: 蛋白质在表面的吸附问题
各位前辈好，小弟最近打算研究一下蛋白质在固体界面上的吸附问题，看了下文献发现在构建初始模型的时候需要考虑蛋白质的朝向问题，有的文章说是用MONTE CARLO方法确定最优构象，有的是随机挑选六个朝向摆放，然后再跑MD。
想请教下大家如果用MC确定朝向的话，有专门的软件吗，还是需要自己写一下程序？或者除此以外是否还有比较合适的摆放蛋白质的方法。小弟拜谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-28 18:09
你可以用packmol建模，对蛋白固定中心位置，每次朝向都是随机的，取足够多的数目跑即可

作者
Author: mol 时间: 2020-11-30 08:48

sobereva 发表于 2020-11-28 18:09
你可以用packmol建模，对蛋白固定中心位置，每次朝向都是随机的，取足够多的数目跑即可

谢谢sob老师，没有更合适的方法就打算这样弄了，就是计算量有点大

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