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标题: 求助：Multiwfn展示晶体中的孔洞、自由区域怎么操作？ [打印本页]

作者
Author: liaorongbao 时间: 2020-11-28 21:26
标题: 求助：Multiwfn展示晶体中的孔洞、自由区域怎么操作？
本帖最后由 liaorongbao 于 2020-11-28 21:40 编辑

我的问题最相关的博文应该是http://sobereva.com/539(另外与http://sobereva.com/408也很相关)。
我把晶体文件001.cif上传到这里，请求对着文件指导一下操作
描述一下我的梦游操作过程。
1. 博文中说Multiwfn的这个功能只能用于矩形盒子。既然需要矩形盒子，那么我怎么才能从晶体中获得矩形盒子呢？晶胞的矢量a，b，c多数情况下并不相互垂直。
2. 我用Gview直接打开已有的001.cif文件，显示出一个带有abc的平行六面体(但并不一定是矩形)。在Gview的PBC Editor的View里面沿着abc的正反方向各自扩大一下，得到初始平行六面体的27倍结构。点combine，然后保存并命名为27.pdb文件(这个文件特别大，1.63MB，能累死Gview)。
3. 把27.pdb拖入Multiwfn.exe，依次选择: 300 /other function; 1 /viewing free regions---; 1 /set grid ---; 输入0.2作为间距spacing计算
这个时候，程序提示：Input X, Y, Z box lengths in Angstrom, e.g. 31.06, 31.10, 31.09
这里就不知道该输入什么数值。也说明我的27.pdb文件中原本就没有这三个数值。而博文http://sobereva.com/539是不需要输入三个数值的
担心输入数值太大耽误时间，于是就随意地输入20,20,20。这个时候我就不知道Multiwfn.exe会从27.pdb的文件对应的六面体的哪个地方切割出一个20*20*20的矩形，或许会从坐标原点吧
计算结果很快就出来了，输入1查看自由区域，显示出绿色的空隙了。在弹出的窗口中点show molecule，可以发现的确只计算了局部范围，设置的数据20,20,20对应一个局部。
还好它没计算分子区域之外的地方。
4. 我希望获得全部的3a*3b*3c区域的空隙，输入什么样子的三个数据可以实现呢？当前这个27.pdb文件实在太大，的确不适合用来做这个计算。那就取2a，2b，2c应该可以吧
5. 对于当前的3a*3b*3c六面体文件27.pdb，如何从Gview中获得八个顶点的坐标？有了坐标就可以计算尺度。
6. 是不是把通过8个顶点坐标算得的三个边长尺度作为Input X, Y, Z box lengths in Angstrom, e.g. 31.06, 31.10, 31.09要求的数据就行了？
请求用这个jingti001.cif显示出空隙来，并把详细过程告诉我，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-28 23:03
这个问题实际上应当在第一性原理板块问，只要得到了矩形（正交）盒子，Multiwfn里按照539号博文直接就算出来了，Multiwfn自身没有任何操作上的困难

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-13 08:44
此文介绍的功能已经支持了非正交盒子了
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539（http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html）

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