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标题: 如何运用MS画3个水分子构成的一个水珠子 [打印本页]

作者
Author: ch_pzq1102 时间: 2020-12-1 14:54
标题: 如何运用MS画3个水分子构成的一个水珠子
本帖最后由 ch_pzq1102 于 2020-12-1 14:57 编辑

各位大佬好，我是做DPD的新手

①请问3个H2O分子咋画成一个水珠子？可以提供具体流程或参考文献吗？谢谢各位
②bead types 里的半径是根据珠子体积重新计算吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2020-12-1 21:47
直接使用一个珠子，指派为水珠子的力场，半径等，那么就是水珠子。。

作者
Author: ch_pzq1102 时间: 2020-12-2 20:46

牧生发表于 2020-12-1 21:47
直接使用一个珠子，指派为水珠子的力场，半径等，那么就是水珠子。。

抱歉不是很理解。我现在才刚会coarse grain。用bead type修改半径，但是3个H2O的半径应该不是直接乘3吧。具体流程能否给一下，或者说这个数据有参考文献吗？谢谢大佬

作者
Author: 牧生 时间: 2020-12-3 07:40
本帖最后由牧生于 2020-12-3 07:42 编辑

mesocite更好用。

看这一篇，可能更容易理解
DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b10770
重点看SIMULATION METHOD

作者
Author: 唐宋元明清 时间: 2020-12-3 09:09

牧生发表于 2020-12-3 07:40
mesocite更好用。

作者
Author: ch_pzq1102 时间: 2020-12-3 19:40

牧生发表于 2020-12-3 07:40
mesocite更好用。

嗯，看完清楚多了。谢谢

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