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标题: dPCA怎么提取体系二面角ndx文件 [打印本页]

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Author: yuyawei 时间: 2020-12-1 20:35
标题: dPCA怎么提取体系二面角ndx文件
在做dPCA分析时：1、第一步利用gmx mk_angndx提取体系二面角，得到的dihedral.ndx是按照力场参数分成多组的，请问有什么办法直接得到体系全部的二面角的ndx信息？

2、后续做二面角PCA分析，首先利用gmx angle 得到体系二面角对应的dihedral.trr轨迹，但是用gmx covar 命令计算协方差时，需要以二面角参数（cos、sin）为反应坐标的tpr文件，请问这个怎么通过dihedral.trr 文件得到呢（需要tpr和dihedral.trr中“原子”数一致）？？
希望各位大佬们不吝赐教，谢谢~

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