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标题: 求助：如何实现可以随着分子移动的圆柱限制 [打印本页]

作者
Author: 1900 时间: 2020-12-2 11:46
标题: 求助：如何实现可以随着分子移动的圆柱限制
体系是这样的，为了计算两个分子之间的pmf，我需要用一个弹簧将两个分子连接，同时为了保持两个分子的轴向沿着同一方向，我需要给两个分子分别添加一个圆柱的限制，但是我需要这个限制可以随着分子的移动而移动。因为如果限制不能移动，那么弹簧就不能反映出两个分子之间的作用力了。。请问怎么实现？？

作者
Author: wyb 时间: 2020-12-5 10:15
每隔几步读取一个更新后的两分子质心，以此建立圆柱限制。NAMD里面是这么操作的

作者
Author: 1900 时间: 2020-12-5 14:26

wyb 发表于 2020-12-5 10:15
每隔几步读取一个更新后的两分子质心，以此建立圆柱限制。NAMD里面是这么操作的

请问gromacs可以实现么？NAMD没有用过

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