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标题: IRC后优化的极小点似不在反应坐标上 [打印本页]

作者
Author: axuanyan 时间: 2020-12-4 05:20
标题: IRC后优化的极小点似不在反应坐标上
大家好，我计算完一个过渡金属Lewis酸催化的过渡态并跑了IRC，得到了较平滑的曲线共121点。基于反应坐标两端的结构进一步优化，发现其中一个结构的优化结果和反应坐标中的结构相差很大，不像是沿着反应坐标得到的极小点。

体系内有pi-pi堆叠等弱相互作用，而且有一定柔性，所以我在opt中加了gdiis关键词，之前获得过渡态的时候同样也有gdiis。
是否有可能是gdiis使得每一步位移太大，偏离了原本的反应坐标？

想请教大家遇到这种情况该怎么办？

作者
Author: CocuLiu 时间: 2020-12-4 07:59
能不能给出具体图示

作者
Author: FETEYA 时间: 2020-12-4 10:07
IRC不一定会跑到极小点附近,只有步数和步长够大才会跑到极小点.
如果一定要让IRC跑到极小点,可以在IRC关键词中加maxpoints=999,和recalc=10保证力常数的准确性

作者
Author: snljty 时间: 2020-12-4 10:55

FETEYA 发表于 2020-12-4 10:07
IRC不一定会跑到极小点附近,只有步数和步长够大才会跑到极小点.
如果一定要让IRC跑到极小点,可以在IRC关键 ...

IRC步长是固定的，步数再多也不会正好跑到极小值点。

作者
Author: FETEYA 时间: 2020-12-4 11:31

snljty 发表于 2020-12-4 10:55
IRC步长是固定的，步数再多也不会正好跑到极小值点。

IRC的步长可以用StepSize关键词来调
步数越多就越接近极小点,用maxpoints=999后端点结构就和极小点很接近了. 所以我才怀疑题主是用了maxpoints=60步数不够多,不够接近极小点,所以出现两端的结构做优化后变化很大

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-4 12:31
要想对IRC两边的结构优化后，得到的极小点结构相对于IRC端点变化不显著，前提是IRC已经跑得足够充分，比如IRC两侧的曲线已经接近水平、受力也比较小。

另外，有的反应路径本身就很长，还有肩峰，即便满足上述条件，亦有可能继续优化下去还会经历很长一段优化轨迹、对应结构大幅变化。如果怕优化到不是与当前过渡态直接连通的极小点，应当把优化的步长上限设小，最后优化成什么就是什么。

作者
Author: axuanyan 时间: 2020-12-4 14:57
本帖最后由 axuanyan 于 2020-12-4 15:19 编辑

FETEYA 发表于 2020-12-4 11:31
IRC的步长可以用StepSize关键词来调
步数越多就越接近极小点,用maxpoints=999后端点结构就和极小点很接 ...

150+原子，没这么大算力。也有可能我recalc的间隔设得太大，我现在是20步。

作者
Author: axuanyan 时间: 2020-12-4 15:17

sobereva 发表于 2020-12-4 12:31
要想对IRC两边的结构优化后，得到的极小点结构相对于IRC端点变化不显著，前提是IRC已经跑得足够充分，比如I ...

老师，对于150原子左右的IRC，分配28核的资源，几步重算一次力常数比较好？
我现在recalc=20，IRC的情况如下，和IRC差异较大的端点是左边这个，是不是重算的间隔太大了？

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作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-4 16:14

axuanyan 发表于 2020-12-4 15:17
老师，对于150原子左右的IRC，分配28核的资源，几步重算一次力常数比较好？
我现在recalc=20，IRC的情况 ...

跟recalc没有直接关系

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