计算化学公社

标题: 用Multiwfn做EDA-SBL时不知道什么原因无法重复文章中的数据 [打印本页]

作者
Author: 阿甘 时间: 2020-12-4 10:25
标题: 用Multiwfn做EDA-SBL时不知道什么原因无法重复文章中的数据
本帖最后由阿甘于 2020-12-4 10:31 编辑

各位早上好，最近想用Multiwfn对某几个有机反应的reactant complex (RC)和 transition state (TS) 作EDA-SBL能量分解，想重复一下Shubin Liu发表的工作Phys. Chem. Chem. Phys., 2015,17, 27052-27061中Table 4中最后一行HHH的数据，即氟离子进攻一氟甲烷的反应。

根据文中描述，体系用B3LYP/6-311+G(d)在CPCM隐式溶剂模型下进行几何优化及频率计算，而且加入scf=tight，int=ultrafine关键词，在Gaussian 09 D01版本上进行。

计算结果如下：
RC具有Cs对称性，电子能为-239.8163497 a.u.；TS具有D3H对称性，电子能为-239.7867704 a.u.；根据这两个数据可以重复出表中数据的△E=18.56kcal/mol。

接着把RC和TS最终结构保存为新的gjf，在命令行中输入#p b3lyp/6-311+g(d) scrf=cpcm int=ultrafine scf=tight ExtraLinks=L608，并且在原子坐标后空一行写上-5；所得的chk文件用formchk转化成fchk文件。

首先对RC作EDA-SBL，在Multiwfn中载入上一步的fchk文件，选择EDA-SBL选项，计算得 E_steric = 177.266348 Hartree；E_electrostatic = -451.013220 Hartree；E_quantum = 34.059904 Hartree

然后对TS作EDA-SBL，在Multiwfn中载入上一步的fchk文件，选择EDA-SBL选项，计算得 E_steric = 177.333543 Hartree；E_electrostatic = -451.007582 Hartree；E_quantum = 33.991125 Hartree

根据以上数据可以计算出△E_steric=42.17kcal/mol，△E_elec=3.54kcal/mol，△E_quantum=-43.16kcal/mol，与文中数据75.02kcal/mol，10.99kcal/mol和-83.22kcal/mol差别很大。

昨天给Prof. Shubin Liu发邮件，Liu回我邮件说'you need make sure your XC functional in your settings.ini file is the same as your Gaussian calculations. Otherwise, there will be a mismatch issue'，我今早看了在setting.ini里的iDFTxcsel的相关说明，以及把其修改为32以对应文中的LYP exchange-correlation functional，但是对EDA-SBL没产生影响。不知如何在setting.ini按照Liu的意见修改XC functional的选项。

不知自己对于理论部分或者计算步骤哪里理解得不到位，恳请各位老师指点。附件上传RC和TS用于EDA-SBL的单点计算log和相应的fchk。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-16 05:59
注意这个提示
(, 下载次数 Times of downloads: 25)

这个问题和iDFTxcsel没关系，因为交换相关能是从Gaussian输出文件里读的，不是Multiwfn自己算的

溶剂模型可能会令问题复杂化，建议你先尝试真空下计算

作者
Author: shiguang 时间: 2021-9-29 23:38
你初始状态中F和CH3F中的C隔的太远了，我试了一下，优化后隔大概2.57埃，与刘述斌老师的数据对的上

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)