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标题: 求助molpro的casscf计算C2分子的垂直激发能 [打印本页]

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-4 10:37
标题: 求助molpro的casscf计算C2分子的垂直激发能
本帖最后由原子分子物理于 2020-12-7 17:00 编辑

大家好，最近刚开始学习molpro的使用，想用molpro的casscf计算C2分子的垂直激发能，在论坛上也找了molpro manual和moloro的quickstart,刚刚熟悉了一些最简单的操作，quickstart上有一个甲醛的casscf 计算的例子，还有一个关于O2分子的态平均的计算例子（附图如下），我在关于C2分子的文献里看到C2分子的casscf计算是CASSCF(8,8)/aug-cc-pvtz,请问大家1.我可以模仿这两个例子计算C2分子的垂直激发能吗？2.怎么在输入卡中体现出活性空间是CAS(8,8)呢？如果这样不可以计算垂直激发能也请大家多多指教我应该怎么写出正确的输入卡，如果大家有学习molpro 更好的资料也可以分享给我，谢谢大家。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-4 11:41
1.可以
2.需要仔细看文献，看文献选的8个轨道分别属于什么不可约表示，然后照你贴的图的示例写输入文件就行了

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-4 15:25

wzkchem5 发表于 2020-12-4 11:41
1.可以
2.需要仔细看文献，看文献选的8个轨道分别属于什么不可约表示，然后照你贴的图的示例写输入文件就 ...

好的，谢谢。我先尝试一下，有问题再来请教您

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-7 17:04
本帖最后由原子分子物理于 2020-12-7 17:09 编辑

wzkchem5 发表于 2020-12-4 11:41
1.可以
2.需要仔细看文献，看文献选的8个轨道分别属于什么不可约表示，然后照你贴的图的示例写输入文件就 ...

老师您好，我仿照文献中和quickstart中O2态平均的例子计算了C2的CASSCF，活性空间选取的是全部的价轨道，我想要的垂直激发能的数据在哪看呢（不好意思，刚刚入门），输入文件和输出文件已上传，麻烦老师指导一下，谢谢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-7 20:01

原子分子物理发表于 2020-12-7 17:04
老师您好，我仿照文献中和quickstart中O2态平均的例子计算了C2的CASSCF，活性空间选取的是全部的价轨道， ...

需要手动把激发态和基态的能量相减。比如可以从输出文件里看到
!MCSCF STATE 1.1 Energy -75.623333598242
!MCSCF STATE 1.2 Energy -75.555939556315
那么第一激发能就是(-75.555939556315) - (-75.623333598242) au

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-7 20:06

wzkchem5 发表于 2020-12-7 20:01
需要手动把激发态和基态的能量相减。比如可以从输出文件里看到
!MCSCF STATE 1.1 Energy ...

那激发态的电子态怎么判断啊，老师不好意思，初次上手，好多都不懂，我也没找到更多的资料

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-7 20:18

原子分子物理发表于 2020-12-7 20:06
那激发态的电子态怎么判断啊，老师不好意思，初次上手，好多都不懂，我也没找到更多的资料

可以从态的名字上看出来，比如STATE 1.2就是第2个不可约表示的第一个态。不同点群下各个不可约表示的编号在molpro手册里有。
另外，你现在每个不可约表示只算一个态的话，理论上只能知道基态的不可约表示，万一第一激发态和基态的不可约表示相同，你就把第一激发态漏掉了。除非文献已经告诉你，你需要的激发态每个不可约表示至多有一个，否则每个不可约表示应该多算几个态。

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-7 20:26
本帖最后由原子分子物理于 2020-12-7 20:28 编辑

wzkchem5 发表于 2020-12-7 20:18
可以从态的名字上看出来，比如STATE 1.2就是第2个不可约表示的第一个态。不同点群下各个不可约表示的编号 ...

好的，谢谢老师，因为还不是很熟练，所以就每个只算一个态试试，我再好好研究研究，尽快熟练起来，非常感谢老师的指导，另外，老师您有其他关于molpro学习的资料吗？我在网上找了好久，只找到了quickstart和manual.如果老师有其他与之相关的资料可以分享给我吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-7 21:25

原子分子物理发表于 2020-12-7 20:26
好的，谢谢老师，因为还不是很熟练，所以就每个只算一个态试试，我再好好研究研究，尽快熟练起来，非常感 ...

我基本上也就是看manual，有的地方写得不是特别明晰，但是自己试着跑一两个输入文件就懂了

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-8 08:38

wzkchem5 发表于 2020-12-7 21:25
我基本上也就是看manual，有的地方写得不是特别明晰，但是自己试着跑一两个输入文件就懂了

好的，谢谢老师

，那我再研究研究手册吧

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-10 15:32
本帖最后由原子分子物理于 2020-12-10 16:46 编辑

原子分子物理发表于 2020-12-8 08:38
好的，谢谢老师，那我再研究研究手册吧

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-10 15:42
每个不可约表示下的两个态的计算的输出文件

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-10 16:46

wzkchem5 发表于 2020-12-7 21:25
我基本上也就是看manual，有的地方写得不是特别明晰，但是自己试着跑一两个输入文件就懂了

老师，不好意思又来打扰您，如您之前所说：!MCSCF STATE 1.1 Energy             -75.623333598242
!MCSCF STATE 1.2 Energy             -75.555939556315
那么第一激发能就是(-75.555939556315) - (-75.623333598242) au，那么第二激发能是不是就是!MCSCF STATE 1.3 Energy             -75.535139690849与!MCSCF STATE 1.1 Energy             -75.601109764769的差？以此类推，第三激发能是!MCSCF STATE 1.4 Energy             -75.495997872160与!MCSCF STATE 1.1 Energy             -75.601109764769的差？如果我每个不可约表示下了算了两个态，又该如何相减呢，请老师多多指教，谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-10 16:59

原子分子物理发表于 2020-12-10 16:46
老师，不好意思又来打扰您，如您之前所说：!MCSCF STATE 1.1 Energy -75.623333598242
!MC ...

“第一激发能就是(-75.555939556315) - (-75.623333598242) au”有个前提条件，就是你的STATE 1.2确实是第一激发态，而这不一定成立。第二到第四激发态同理。所以必须每个不可约表示多算几个态，然后把所有的能量从低到高排序，最低的是基态，第二低的是第一激发态，以此类推，然后把第n激发态的能量和基态能量相减，就是第n激发能。

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-10 17:34

wzkchem5 发表于 2020-12-10 16:59
“第一激发能就是(-75.555939556315) - (-75.623333598242) au”有个前提条件，就是你的STATE 1.2确实是 ...

老师您这里面说的基态能量是指state1.1吗？因为我每个不可约表示算了两个态，所以有state1.1和state1.2，那这两个哪个是基态能量呢?主要是这一点不是很懂

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-10 18:23

原子分子物理发表于 2020-12-10 17:34
老师您这里面说的基态能量是指state1.1吗？因为我每个不可约表示算了两个态，所以有state1.1和state1.2， ...

基态永远是能量最低的那个态，你把所有态的能量比一下就知道了。一般而言，基态可能但不一定是state 1.1，应该完全按能量的高低来判断

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-10 19:00

wzkchem5 发表于 2020-12-10 18:23
基态永远是能量最低的那个态，你把所有态的能量比一下就知道了。一般而言，基态可能但不一定是state 1.1 ...

好的老师，我想我这次是真的理解了，真的谢谢老师，特别感谢您。

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-10 21:39

wzkchem5 发表于 2020-12-10 18:23
基态永远是能量最低的那个态，你把所有态的能量比一下就知道了。一般而言，基态可能但不一定是state 1.1 ...

老师，不好意思，还有一个问题不是很清楚，文献中对C2分子的活化空间有的是CAS(8,8),有的是CAS(4,4),我之前算的是选的全部的价轨道，完整的输入卡是这样的：*** , C2
print ,basis , orbitals
geometry ={
c1
c2 ,c1 ,r
}

r=2.3 bohr
basis =avdz

{hf
wf ,12 ,1 ,0
occ ,2,1,1,0,2,0,0,0
}

{ casscf
wf ,12 ,1 ,0 ;state ,1
wf ,12 ,2 ,0 ;state ,2
wf ,12 ,3 ,0 ;state ,2
wf ,12 ,4 ,0 ;state ,2
wf ,12 ,5 ,0 ;state ,2
wf ,12 ,6 ,0 ;state ,2
wf ,12 ,7 ,0 ;state ,2}
如果我想用CAS(4,4)这个活化空间，occ和closed应该怎么写啊，怎么在输入卡上体现出我用的活化空间是CAS(4,4)呢？MOLPRO手册上的态平均的例子都是选的全部价轨道，所以这个地方就有点疑问，请老师多多指教，感谢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-11 11:03

原子分子物理发表于 2020-12-10 21:39
老师，不好意思，还有一个问题不是很清楚，文献中对C2分子的活化空间有的是CAS(8,8),有的是CAS(4,4),我之 ...

非态平均的例子应该有不选全部价轨道的例子吧？你参考非态平均的例子，再加上state, xxx指定态平均就行了

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-11 11:29

wzkchem5 发表于 2020-12-11 11:03
非态平均的例子应该有不选全部价轨道的例子吧？你参考非态平均的例子，再加上state, xxx指定态平均就行了

首先感谢老师一直很耐心的解答我的疑问。有这样的例子，我已经尝试过CAS(6,6) ，但是算出来的的数值比文献中的数值偏高，老师我还想问一下，我想用CAS(4,4),但是需要交换轨道比如说：Occupied (SGG) (SGU) (SGG) (SGU) (PIU) (PIU)
Virtual (SGG) (PIG) (PIG) (SGU) (SGG) (PIU) (PIU) (SGG)
在这里面我想选用四个PI轨道，即PIU PIU PIG PIG 所以需要把空轨道中的SGG和PIG交换，我查到的资料是，比如：rotate,1,4,5.4,90，后面这个为什么是90，我在其他地方看到这个数值有写0的,这是有什么规则吗？还有就是这个命令应该是写在哪里啊，是写在{hf}这一部分还是{casscf}?

作者
Author: jiangning198511 时间: 2020-12-11 11:36
MOLCAS手册里面有C2的计算例子，虽然两个软件有所不同，但你仔细分析一下相关内容估计会对你理解计算有所帮助
http://www.molcas.org/documentat ... 6112000000000000000

作者
Author: pwzhou 时间: 2020-12-11 12:58

原子分子物理发表于 2020-12-11 11:29
首先感谢老师一直很耐心的解答我的疑问。有这样的例子，我已经尝试过CAS(6,6) ，但是算出来的的数值比文 ...

交换轨道是90
交换需要写在casscf部分，因为是通过读取hf轨道并对其进行交换

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-11 15:03

jiangning198511 发表于 2020-12-11 11:36
MOLCAS手册里面有C2的计算例子，虽然两个软件有所不同，但你仔细分析一下相关内容估计会对你理解计算有所帮 ...

感谢，感谢。

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-11 15:07

pwzhou 发表于 2020-12-11 12:58
交换轨道是90
交换需要写在casscf部分，因为是通过读取hf轨道并对其进行交换

感谢老师，我也猜测是写在CASSCF部分，虽然提交程序没有报错，但是心里不确定到底对不对，我的课题跟师兄师姐们的不一样，他们也不用molpro,所以都是自己摸索猜测，特别感谢老师这几天一直耐心的指导，谢谢老师。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-15 19:23
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-12-16 13:31 编辑

担心自己结果不对、不会交换轨道、不知道如何选活性轨道，可以用自动做多参考计算的程序MOKIT (https://gitlab.com/jxzou/mokit) 试算一下，以三重态C2为例，输入文件如下

%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CASSCF(8,8)/aug-cc-pVTZ
mokit{casscf_prog=molpro}
0 3
C 0.0 0.0 0.0
C 0.0 0.0 2.0

复制代码

整个过程是自动的，不用你看、选轨道，只要你机子上装有Gaussian, PySCF（免费开源）, GAMESS（免费开源）, Molpro等软件，（安装MOKIT后）会自动调用相应模块，8核8GB下算这个例子仅需23s时间。而人工手动一步步来耗时长多了。结果是
E(CASSCF) = -75.48488843 a.u.
仅供参考。当然了，这只是基态的单点，但你可以用算完的molpro文件读取之、做后续计算，就不用再看、调轨道了。

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-16 11:36

zjxitcc 发表于 2020-12-15 19:23
担心自己结果不对、不会交换轨道、不知道如何选活性轨道，可以用自动做多参考计算的程序MOKIT (https://gi ...

MOLPRO在服务器里也可以调用吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-16 13:04
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-12-16 13:30 编辑

原子分子物理发表于 2020-12-16 11:36
MOLPRO在服务器里也可以调用吗？

如果你指的是在主节点提交，作业调度系统（如bsub, qsub等）会将其分配到子节点计算这种形式的话，你可以在主节点提交MOKIT作业，MOKIT任务会被分配到子节点，它会在子节点里调用molpro，不用你做啥。

如果你指的服务器没有作业调度系统的话、当前节点直接可以计算，那更简单了，你只要能执行which molpro查看到molpro路径，那MOKIT自然也能调用。

另外，MOKIT没有用对称性，如果你要用对称性，可能要考虑读取算完的molpro输出文件、波函数文件等开了对称性再续算，或者自己仍手动算、不用MOKIT。

作者
Author: 陈小北 时间: 2020-12-16 20:57
楼主好！

想问一下您的moloro的quickstart可以分享一下吗？最近也在学molpro,想要做一些简单的练手

非常感谢！！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-16 21:21

陈小北发表于 2020-12-16 20:57
楼主好！

想问一下您的moloro的quickstart可以分享一下吗？最近也在学molpro,想要做一些简单的练手

quickstart.pdf在解压后的doc文件夹中，可自行下载
http://bbs.keinsci.com/thread-15060-1-1.html

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-17 09:11

陈小北发表于 2020-12-16 20:57
楼主好！

想问一下您的moloro的quickstart可以分享一下吗？最近也在学molpro,想要做一些简单的练手

我也是在这个论坛上找的，下面有老师发的链接，你可以下载一下。

作者
Author: 陈小北 时间: 2020-12-17 10:19

原子分子物理发表于 2020-12-17 09:11
我也是在这个论坛上找的，下面有老师发的链接，你可以下载一下。

啊是这样

但是老师的链接跳转到的帖子需要权限40才能看，也就是level 4, 你是很久之前下的吗？那时候这个帖子还没有被锁吗？

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-17 10:34

陈小北发表于 2020-12-17 10:19
啊是这样

但是老师的链接跳转到的帖子需要权限40才能看，也就是level 4, 你是很久之前下的吗？那时候 ...

这样啊，那我给你发一份吧，我也是刚学MOLPRO，半个月前刚下的，可能不是从老师这个链接下的

作者
Author: 原子分子物理 时间: 2020-12-17 10:38

陈小北发表于 2020-12-17 10:19
啊是这样

但是老师的链接跳转到的帖子需要权限40才能看，也就是level 4, 你是很久之前下的吗？那时候 ...

不好意思，我记错了，我是在小*虫下的，你可以去那里下，我现在没有那个链接了，你可以去搜一下

作者
Author: 陈小北 时间: 2020-12-17 20:42

原子分子物理发表于 2020-12-17 10:38
不好意思，我记错了，我是在小*虫下的，你可以去那里下，我现在没有那个链接了，你可以去搜一下

好的，我去找一下

谢谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-17 20:57

陈小北发表于 2020-12-17 10:19
啊是这样

但是老师的链接跳转到的帖子需要权限40才能看，也就是level 4, 你是很久之前下的吗？那时候 ...

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