计算化学公社

标题: 为什么高斯优化吸附剂与目标吸附物复合结构时两者间有共价键生成？？？ [打印本页]

作者
Author: 喷气机 时间: 2020-12-4 15:15
标题: 为什么高斯优化吸附剂与目标吸附物复合结构时两者间有共价键生成？？？
各位老师好，新手菜鸟求助，想探究下合成吸附剂与目标物之间的具体弱相互作用，在用高斯优化二者的复合结构时，输出结构中发现二者之间有共价键生成，麻烦问下具体可能是什么原因？？？万分感谢！！！（附件为输出的log文件）

作者
Author: FETEYA 时间: 2020-12-4 16:03
首先你用b3lyp优化有弱相互作用的复合物需要加色散校正,
然后你给的初始结构不合理. 初始结构本身就已经成键了所以最后优化出的结构也有成键.
建议你把吸附剂和目标物间距离拉远一点,再重新优化结构

作者
Author: 喷气机 时间: 2020-12-4 16:35

FETEYA 发表于 2020-12-4 16:03
首先你用b3lyp优化有弱相互作用的复合物需要加色散校正,
然后你给的初始结构不合理. 初始结构本身就已经成 ...

好的，谢谢您，然后想问一下加色散校正时语言怎么写呢？

作者
Author: FETEYA 时间: 2020-12-4 17:18

喷气机发表于 2020-12-4 16:35
好的，谢谢您，然后想问一下加色散校正时语言怎么写呢？

加上关键词empiricaldispersion=gd3bj就行

作者
Author: snljty 时间: 2020-12-4 17:19
本帖最后由 snljty 于 2020-12-4 17:22 编辑

先看卢老师以下博文
《谈谈原子间是否成键的判断问题》
http://sobereva.com/414
《乱谈DFT-D》
http://sobereva.com/83
《DFT-D色散校正的使用》
http://sobereva.com/210
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》
http://sobereva.com/413
这个体系即使加上D3也不合适。
看
《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》
http://sobereva.com/557

作者
Author: 喷气机 时间: 2020-12-4 17:31

FETEYA 发表于 2020-12-4 17:18
加上关键词empiricaldispersion=gd3bj就行

非常感谢

作者
Author: 喷气机 时间: 2020-12-4 17:33

snljty 发表于 2020-12-4 17:19
先看卢老师以下博文
《谈谈原子间是否成键的判断问题》
http://sobereva.com/414

谢谢您，看过博文再结合我样品实际的结构得出是需要加上D3色散矫正的

作者
Author: snljty 时间: 2020-12-4 19:34

喷气机发表于 2020-12-4 17:33
谢谢您，看过博文再结合我样品实际的结构得出是需要加上D3色散矫正的

把最后两行看一下。

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