计算化学公社

标题: 求助：小分子和蛋白质MD前处理 [打印本页]

作者
Author: BabysBreath 时间: 2020-12-4 20:49
标题: 求助：小分子和蛋白质MD前处理
各位老师好，想麻烦想问一下各位老师，如果做小分子和蛋白的MD，所生成小分子的拓扑是用从网上直接下载小分子的mol2文件，还是说用分子对接后复合体中拆出来的小分子去生成拓扑呢？如果是前者，我遇到的问题是topol.top和solv.gro里的原子数match不上，如果是后者的话，是怎样生成拓扑呢？因为分子对接之后只有Atom且比正常从网上下载的小分子少了一部分氢？谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-6 14:38
首先你得先明确打算用什么力场做MD，要分清楚全原子力场和联合原子力场的区别。分子对接程序很多都是不考虑非极性氢的，所以这些氢会被去掉。这种情况如果跑全原子MD，应当将分子对接程序给出的结构中的小分子加氢，然后再给acpype等程序用来产生拓扑文件。

作者
Author: BabysBreath 时间: 2020-12-6 16:00

sobereva 发表于 2020-12-6 14:38
首先你得先明确打算用什么力场做MD，要分清楚全原子力场和联合原子力场的区别。分子对接程序很多都是不考虑 ...

好的，谢谢社长，另外我还有一个问题就是我到npt位置输出的gro文件转成Pdb后和分子对接结构基本相似，但是跑完100ns之后小分子就在外侧了，和之前完全一个位点上，我想麻烦问一下这样的情况可能是由于什么原因呢？（比如我猜测的原因可能是对接结构稳定或者我把残基ca和cl去掉了这样）谢谢社长！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-7 14:57

BabysBreath 发表于 2020-12-6 16:00
好的，谢谢社长，另外我还有一个问题就是我到npt位置输出的gro文件转成Pdb后和分子对接结构基本相似，但 ...

看不懂你的描述，“之前完全一个位点上”具体指什么？初始用的什么结构？NPT最终是什么结构？

如果基于对接后的复合物结构跑MD，跑了一阵后分子跑了，说明要么力场、模型、模拟手段有问题，要么对接得到的那个位点本来就结合不稳定。

作者
Author: BabysBreath 时间: 2020-12-7 15:11

sobereva 发表于 2020-12-7 14:57
看不懂你的描述，“之前完全一个位点上”具体指什么？初始用的什么结构？NPT最终是什么结构？

如果基 ...

好的，谢谢社长，我的情况就是最终跑之前的时候输出的复合结构和对接后的复合物基本相似，但是开始跑之后小分子就跑了，所以我在想是什么原因，应该还是结构不稳吧，谢谢社长~

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)