计算化学公社

标题: 审稿人说：计算结果支持了团簇化合物存在的可能性，但是并不意味在实际情况下存在 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-5 15:28
标题: 审稿人说：计算结果支持了团簇化合物存在的可能性，但是并不意味在实际情况下存在
本帖最后由风飞于 2020-12-5 15:34 编辑

老师，您好，最近做了一篇甲苯和水团簇的文章，审稿人说：

Theoretical results may support the possibility forthe existence of many complexes. This does not mean the physical presence ofall these complexes.

请问该怎样回答呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-5 16:06
这些团簇是怎么找到的？如果做了全局构型搜索，而且假设搜索得很充分，且相对稳定性计算得准确，那么必然意味着实验上存在。实验只要把相应数目的甲苯分子和水分子在足够低的温度下放在一起，等待一定时间使其达到平衡态就行了。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-5 17:08

wzkchem5 发表于 2020-12-5 16:06
这些团簇是怎么找到的？如果做了全局构型搜索，而且假设搜索得很充分，且相对稳定性计算得准确，那么必然意 ...

嗯，好的谢谢

作者
Author: chemhou 时间: 2020-12-5 20:34
本帖最后由 chemhou 于 2020-12-5 20:35 编辑

wzkchem5 发表于 2020-12-5 16:06
这些团簇是怎么找到的？如果做了全局构型搜索，而且假设搜索得很充分，且相对稳定性计算得准确，那么必然意 ...

未必。计算可以随便算出来一个热力学和动力学上都极其稳定的结构，但是实验上永远也不可能实现的情况比比皆是。很多做（团簇）计算的都不去碰实验上能实现的体系。。。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-5 20:40

chemhou 发表于 2020-12-5 20:34
未必。计算可以随便算出来一个热力学和动力学上都极其稳定的结构，但是实验上永远也不可能实现的情况比比 ...

如果是共价团簇，那有可能，但是甲苯和水的团簇，只要把合适数量的甲苯分子和水分子放在一起，总能遍历到计算的那个结构的

作者
Author: chemhou 时间: 2020-12-5 20:45
标题: tou

wzkchem5 发表于 2020-12-5 20:40
如果是共价团簇，那有可能，但是甲苯和水的团簇，只要把合适数量的甲苯分子和水分子放在一起，总能遍历到 ...

甲苯和水的团簇gas-phase的实验都已经做了几十年都做烂做透了，为何不建议楼主去好好做一下文献搜索工作

作者
Author: chemhou 时间: 2020-12-5 20:47

chemhou 发表于 2020-12-5 20:45
甲苯和水的团簇gas-phase的实验都已经做了几十年都做烂做透了，为何不建议楼主去好好做一下文献搜索工作

审稿人明显也是外行，对相关领域并不熟悉。楼主可以私我你的计算结果，一看便知.....

作者
Author: yflchx 时间: 2020-12-5 22:27
计算的意义在于解释或者预言，即便是预言也要做相关的实验背景介绍，甚至建议有可行性的实验。

所以，写文章之前文献调研要扎实、深入。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-5 22:38

chemhou 发表于 2020-12-5 20:45
甲苯和水的团簇gas-phase的实验都已经做了几十年都做烂做透了，为何不建议楼主去好好做一下文献搜索工作

搞不好楼主做了十几个甲苯和十几个水，超过了当年实验能做的范围也不好说。。。

作者
Author: Alizzard 时间: 2020-12-7 09:38
我觉得大家陷入了一个误区。就是和审稿人杠计算如何仿真实验。有些实验你是模拟不了的，也绝不是计算的意义所在。指望着用计算去重现实验，那就和计算的目的走远了。

我遇到这类问题一律回答：”我们做计算模拟是为了揭示微观机制。所采用的是高度抽象的数学模型，目的是为了解析最主要的矛盾，不是为了将实验完完整整地用计算机模拟出来，也不是为了分毫不差地重现实验结果。计算是认识规律的手段，是在实验手段无法直接看清微观物理化学规律的情况下的必要方法。如果计算不是抽象的，是和实验严丝合缝的，那反而就不对了，并且也是无法做到的。再者，实验室试管中的实验现象也和外界自然界的现像或是工业化生产相距甚远。但这依然是有意义的，因为这都是认识基本规律而进行的高度抽象。所以请审稿人不要从技术的层面看待计算模拟，要从科学的层面理解计算模拟额深刻内涵。“

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-7 10:38
建议题主将此句的前后句、上下文列出（如果有的话），只放这么一句信息过少。因为这是一句评论，而不是一个问题或建议。审稿人一般会提问、指出问题，或提出建议；而就算是评论的话，也是具体针对作者的某句话、某段话作出评论，并要求作者用另一种更严谨的语言进行表述。

当前你贴的这个，并没有展示出审稿人对你具体哪里某句话、某段话有什么异议，也没有展示出审稿人对你提出了什么要求、建议。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-7 16:35
本帖最后由风飞于 2020-12-7 17:09 编辑

首先很感谢各位老师对这个问题的关注，抱歉出于一些原因耽搁了，没有直接马上回复：
1. 首先是是我的做的体系，我首先GROMACS做了H2O和甲苯的分子动力学（20个甲苯和360多个水分子），研究了甲苯和水之间在不同温度下的氢键数目和寿命，并且研究了aNCI(平均非共价相互作用)和TFI(热波动指数),
2.然后使用 Molclus 和MOPAC程序对TWn(n=10,T:Toluene,W:H2O)进行了构相搜索，筛选出能量较低的结构（每种类型的团簇选择1-3个构型），将这个构型作为初猜，使用高斯在M06-2X-D3/def2TZVPP 和 ωB97X-D/def2TZVPP 条件下做结构优化，继续探讨甲苯和水之间的弱相互作用和红外性质等
3. 该审稿意见就只是一句评论，上下没有任何相关联系。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-7 16:54

风飞发表于 2020-12-7 16:35
首先很感谢各位老师对这个问题的关注，抱歉出于一些原因耽搁了，没有直接马上回复：
1. 首先是是我的做的 ...

只有10个水的话，实验制备应该不是问题。可以查一下10个水分子左右的水团簇的结构弛豫需要的时间大概在什么量级，比如假如是1ps量级，那就意味着10个随便放在一起的水分子在几ps内一般就会遍历到最稳定构象，那你加一个甲苯分子的话，也不太会改变这个定性结论。
另外一个comment：pbe/def2TZVPP理论级别选得不好，不适合算分子体系，而且基组不需要那么大。B3LYP-D3/def-TZVP比较适合，频率也比较准（用了校正因子以后）。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-7 17:10

wzkchem5 发表于 2020-12-7 16:54
只有10个水的话，实验制备应该不是问题。可以查一下10个水分子左右的水团簇的结构弛豫需要的时间大概在什 ...

抱歉刚刚说错了，我使用的方法是M06-2X-D3/def2TZVPP and ωB97X-D /def2TZVPP

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-7 20:02

风飞发表于 2020-12-7 17:10
抱歉刚刚说错了，我使用的方法是M06-2X-D3/def2TZVPP and ωB97X-D /def2TZVPP

哦，那没什么问题了

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-7 21:47

wzkchem5 发表于 2020-12-7 20:02
哦，那没什么问题了

嗯，谢谢你

作者
Author: lsing 时间: 2020-12-31 10:06

Alizzard 发表于 2020-12-7 09:38
我觉得大家陷入了一个误区。就是和审稿人杠计算如何仿真实验。有些实验你是模拟不了的，也绝不是计算的意义 ...

见解独到，鞭辟入里！

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