计算化学公社

标题: 用win版的gmx执行gmx do_dssp不出结果 [打印本页]

作者
Author: 好孩纸呀 时间: 2020-12-5 20:24
标题: 用win版的gmx执行gmx do_dssp不出结果
本帖最后由好孩纸呀于 2020-12-5 21:52 编辑

老师，我用win版的gromac分析蛋白质的二级结构，执行gmx do_dssp -f md_noPBC.xtc -s md.tpr -o sec_str.xvm -ssdump命令时，能运行，但是不出结果，显示如下，这是怎么回事啊
，

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-5 22:05
用linux就完了
或者用VMD的timeline插件代替，更方便

作者
Author: 好孩纸呀 时间: 2020-12-5 22:11

sobereva 发表于 2020-12-5 22:05
用linux就完了
或者用VMD的timeline插件代替，更方便

老师，我们是租的服务器，公共文件夹不让放dssp，您说的ＶＭＤ的timeline我用过，这里我用dssp是想得到ssdump.dat，然后用awk_ss.bsh脚本统计二级结构的概率来作图，搞了一天了，愁死我啦

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-6 14:25

好孩纸呀发表于 2020-12-5 22:11
老师，我们是租的服务器，公共文件夹不让放dssp，您说的ＶＭＤ的timeline我用过，这里我用dssp是想得到ss ...

自己电脑装个vmware虚拟机跑linux就完了，简单至极

VMware 15中安装CentOS 7.6 Linux系统的过程演示
https://www.bilibili.com/video/av39555524/
GROMACS 2018.4在CentOS 7.6下的安装过程演示
https://www.bilibili.com/video/av39749252/

作者
Author: 好孩纸呀 时间: 2020-12-7 11:44

sobereva 发表于 2020-12-6 14:25
自己电脑装个vmware虚拟机跑linux就完了，简单至极

VMware 15中安装CentOS 7.6 Linux系统的过程演示

谢谢老师

作者
Author: Acee 时间: 2021-1-31 19:10
如此看来应该是，你gromacs版本太高，在Linux系统下按照sob老师的教程安装2018.4版本的gromacs，再按照这个博文的内容安装dssp（http://bbs.keinsci.com/thread-14384-1-1.html）。即可使用dssp，亲测可用。

作者
Author: 好孩纸呀 时间: 2021-3-28 19:54

Acee 发表于 2021-1-31 19:10
如此看来应该是，你gromacs版本太高，在Linux系统下按照sob老师的教程安装2018.4版本的gromacs，再按照这个 ...

我弄好了，谢谢您呀

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2021-3-31 10:25

好孩纸呀发表于 2021-3-28 19:54
我弄好了，谢谢您呀

请问一下，你是怎么弄好的，windows还是linux,谢谢

作者
Author: 好孩纸呀 时间: 2021-3-31 22:24

计算小菜鸡发表于 2021-3-31 10:25
请问一下，你是怎么弄好的，windows还是linux,谢谢

windows 下的啊

作者
Author: 计算小菜鸡 时间: 2021-4-2 16:24

好孩纸呀发表于 2021-3-31 22:24
windows 下的啊

麻烦说一下，怎么做的，dssp我无法安装

作者
Author: 好孩纸呀 时间: 2021-4-6 12:06

计算小菜鸡发表于 2021-4-2 16:24
麻烦说一下，怎么做的，dssp我无法安装

我装的win版的groamcs，跟DSSP，然后配置下环境变量，就可以用啦

作者
Author: 夏一天 时间: 2021-8-16 18:30
兄弟，我情况和你一样，win版的gromac不出结果，显示也和你的一样，请问如何解决的？感谢！

作者
Author: 好孩纸呀 时间: 2021-9-4 09:33

夏一天发表于 2021-8-16 18:30
兄弟，我情况和你一样，win版的gromac不出结果，显示也和你的一样，请问如何解决的？感谢！

把DSSP 配置到环境变量里就行了，不配置没法用

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)