计算化学公社

标题: materials studio软件的DPD模拟板块的界面怎么设置溶液的浓度变化和不同的pH环境？ [打印本页]

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-12-6 19:17
标题: materials studio软件的DPD模拟板块的界面怎么设置溶液的浓度变化和不同的pH环境？
请问各位老师，materials studio软件的DPD模拟板块的界面怎么设置溶液的浓度变化和不同的pH环境呀

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-7 00:35
浓度通过建模时控制粒子数体现
pH环境没法直接体现。对于全原子模拟，一般通过控制物质的质子化态等效体现。

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-12-7 08:53

sobereva 发表于 2020-12-7 00:35
浓度通过建模时控制粒子数体现
pH环境没法直接体现。对于全原子模拟，一般通过控制物质的质子化态等效体现 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: 牧生 时间: 2020-12-7 10:55
J. Phys. Chem. B 2018, 122, 3931−3943 非常详细讲了设置浓度

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-12-7 15:58

牧生发表于 2020-12-7 10:55
J. Phys. Chem. B 2018, 122, 3931−3943 非常详细讲了设置浓度

好的，非常感谢您哦

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-12-9 22:27

sobereva 发表于 2020-12-7 00:35
浓度通过建模时控制粒子数体现
pH环境没法直接体现。对于全原子模拟，一般通过控制物质的质子化态等效体现 ...

老师，我看了文献中体现体系pH环境通过计算pka值来计算质子化程度，比如当pka=7.1时，pH范围为5.1, 6.1, 7.1, 8.1, 9.0时对应的质子化程度为0， 9%， 50%， 90%， 100%，这个程度该怎么体现在体系中呢？文献中说改变系统的力场，

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-10 19:30

大王雷发表于 2020-12-9 22:27
老师，我看了文献中体现体系pH环境通过计算pka值来计算质子化程度，比如当pka=7.1时，pH范围为5.1, 6.1, ...

跟力场没关系
建模的时候根据数目比恰当设置物质的质子化状态就完了

作者
Author: 大王雷 时间: 2021-1-7 10:02

sobereva 发表于 2020-12-10 19:30
跟力场没关系
建模的时候根据数目比恰当设置物质的质子化状态就完了

好的，谢谢老师

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-9-8 13:19

大王雷发表于 2020-12-9 22:27
老师，我看了文献中体现体系pH环境通过计算pka值来计算质子化程度，比如当pka=7.1时，pH范围为5.1, 6.1, ...

楼主您好，能不能麻烦您发一下您提到的这篇文章呢，我现在正在学习模拟不同pH下两物质的结合，但不知道质子化程度应该怎么计算，麻烦您了

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