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标题: 求助Gaussian优化结构加电场 [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-7 16:32
标题: 求助Gaussian优化结构加电场
本帖最后由 15whyhq 于 2020-12-7 16:35 编辑

1 输入文件的坐标是不是cartesian z-matrix都可以？而且不建议写opt=z-matrix？
2 加电场可以优化过渡态结构和算频率吗？
3 电场的方向怎么设置成与偶极方向平行或者反平行？field=read 坐标后面空一行怎么写呢？偶极方向与X Y Z 都不同，也没有落在某两个原子方向上。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标，并且用了nosymm，你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的
2 可
3 field=read，输入文件末尾空一行写外电场矢量，让电场矢量方向和之前计算最后输出的偶极矩矢量平行就完了。

要么用此文的做法旋转体系，然后直接用诸如field=x+0200将电场指定为单一方向
让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法
http://sobereva.com/507（http://bbs.keinsci.com/thread-14323-1-1.html）

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-7 17:48

sobereva 发表于 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标，并且用了nosymm，你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的 ...

让电场矢量方向和之前计算最后输出的偶极矩矢量平行
具体操作是直接在文件末尾空行写上写偶极矩的三个值吗？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-7 21:17

sobereva 发表于 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标，并且用了nosymm，你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的 ...

电场加多大合适呢？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-7 21:53

sobereva 发表于 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标，并且用了nosymm，你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的 ...

按照帖子将偶极矩方向平行于z轴了，
field=z+20是沿着偶极矩方向加0.002 a.u.的电场吗？field=z-20是沿着与偶极矩反向平行的方向加0.002 a.u.的电场吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-8 04:01

15whyhq 发表于 2020-12-7 21:53
按照帖子将偶极矩方向平行于z轴了，
field=z+20是沿着偶极矩方向加0.002 a.u.的电场吗？field=z-20是沿 ...

偶极矩是负电中心指向正电中心，Gaussian里的电场方向与物理习俗相反。如果你的偶极矩的z分量为正，则field=z+20是和偶极矩反方向加电场

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-8 11:30
本帖最后由 15whyhq 于 2020-12-8 11:57 编辑

sobereva 发表于 2020-12-8 04:01
偶极矩是负电中心指向正电中心，Gaussian里的电场方向与物理习俗相反。如果你的偶极矩的z分量为正，则fie ...

偶极矩的z分量为正指的是提交作业后输出文件偶极矩z的分量的值是正的？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-8 23:11

15whyhq 发表于 2020-12-8 11:30
偶极矩的z分量为正指的是提交作业后输出文件偶极矩z的分量的值是正的？

如果你加了nosymm，是这样

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-9 11:16

sobereva 发表于 2020-12-8 23:11
如果你加了nosymm，是这样

用GaussView保存成gjf格式，用Multwfn转化成xyz文件，按照帖子将偶极矩方向平行于z轴了，加了nosymm，输出文件偶极矩三个分量分别是X= 0.2578 Y= -0.3792 Z= 12.2148，X Y分量不精确为0，这个对结果有影响吗？为什么X Y分量不精确为0 ？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-9 18:01
可以作加电场与没加电场优化结构后的电子密度差图吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-9 18:22

15whyhq 发表于 2020-12-9 18:01
可以作加电场与没加电场优化结构后的电子密度差图吗？

显然不行
几何结构必须相同才能作密度差图

参考此文里的密度差图
一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用
http://sobereva.com/570（http://bbs.keinsci.com/thread-19364-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-9 18:23

15whyhq 发表于 2020-12-9 11:16
用GaussView保存成gjf格式，用Multwfn转化成xyz文件，按照帖子将偶极矩方向平行于z轴了，加了nosymm，输 ...

你的操作有问题

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-9 23:24
本帖最后由 15whyhq 于 2020-12-10 11:00 编辑

sobereva 发表于 2020-12-9 18:23
你的操作有问题

问题在哪呀？按照帖子写的操作多次，还是得到X Y分量的不精确为0，真的不知道问题在哪。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-10 11:19
加电场优化完结构之后再算高精度单点能，是不是又得重新使偶极矩方向平行z轴，不能直接读优化结构的chk文件坐标波函数？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-10 12:11

15whyhq 发表于 2020-12-9 23:24
问题在哪呀？按照帖子写的操作多次，还是得到X Y分量的不精确为0，真的不知道问题在哪。

把每一步操作都详细描述出来，该截图的给截图，不然没法猜问题在哪

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-10 17:00

wzkchem5 发表于 2020-12-10 12:11
把每一步操作都详细描述出来，该截图的给截图，不然没法猜问题在哪

PO-1.log是没加电场优化的结构，PO-1.xyz是GView保存PO-1.log成gjf，然后把坐标取出直接手动改成.xyz文件，PO-1-field-1.xyz是把PO-1.xyz拖进VMD，然后依次输入set sel [atomselect top all]
$sel move [transvecinv "-0.8394 1.5900 0.6699"]
$sel move [transaxis y -90]

之后保存用VMD的File - Save coordinates，将当前结构保存为PO-1-field-1.xyz格式文件，
把PO-1-field-1.xyz里的坐标粘到PO-1-0.002-1.gjf文件里（opt freq nosymm field=z-20），提交PO-1-0.002-1.gjf输出文件PO-1-0.002-1.log，偶极矩三个方向的值分别是X= 0.0014 Y= 0.0139 Z= 2.0818，
X Y的值不精确为0。
操作问题在哪呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-10 17:04

15whyhq 发表于 2020-12-10 17:00
PO-1.log是没加电场优化的结构，PO-1.xyz是GView保存PO-1.log成gjf，然后把坐标取出直接手动改成.xyz文件 ...

也就是说你对齐到z轴的结构又做了结构优化是吧，那当然就不再和z轴对齐了，因为结构优化会改变原子坐标

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-10 17:09

wzkchem5 发表于 2020-12-10 17:04
也就是说你对齐到z轴的结构又做了结构优化是吧，那当然就不再和z轴对齐了，因为结构优化会改变原子坐标

输出文件PO-1-0.002-1.log一开始输出的偶极矩 X= 0.0009 Y= 0.0117 Z= 2.0671，X Y分量也不精确为0呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-10 19:38

15whyhq 发表于 2020-12-10 17:09
输出文件PO-1-0.002-1.log一开始输出的偶极矩 X= 0.0009 Y= 0.0117 Z= 2.0671，X Y分量也不精确为0 ...

博文里都已经说了，是坐标记录精度问题

作者
Author: 15whyhq 时间: 2020-12-10 20:49
本帖最后由 15whyhq 于 2020-12-10 21:05 编辑

sobereva 发表于 2020-12-10 19:38
博文里都已经说了，是坐标记录精度问题

好的，那加电场优化结构会改变原子坐标，偶极矩方向不与z对齐了，也就是偶极矩方向与电场方向不平行了，要求是电场方向与偶极矩平行，对计算结果有影响吗？
有什么办法可以使得优化结构的时候电场方向与偶极矩方向一直平行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-13 04:24

15whyhq 发表于 2020-12-10 20:49
好的，那加电场优化结构会改变原子坐标，偶极矩方向不与z对齐了，也就是偶极矩方向与电场方向不平行了， ...

没有办法。电场下优化，体系的朝向不可能不变（除非是相对于电场是有对称性的）

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-20 08:46

sobereva 发表于 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标，并且用了nosymm，你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的 ...

老师，我给基态几何构型加了电场，然后几何构型发生了明显变化，想问一下老师，电场强度会引起几何构型的变化属于常识吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-20 18:10

xxzj 发表于 2021-5-20 08:46
老师，我给基态几何构型加了电场，然后几何构型发生了明显变化，想问一下老师，电场强度会引起几何构型的 ...

加了电场等于改变了外势，因此也影响了势能面，极小点位置变了，优化出的几何结构当然会变化，从最基本的原理上也能明白这一点

作者
Author: 小崔 时间: 2025-4-8 18:39
本帖最后由小崔于 2025-4-8 20:50 编辑

sobereva 发表于 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标，并且用了nosymm，你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的 ...

老师，我想在sobEDAw中加电场算能量分解分析，我想沿着偶极矩方向加0.005a.u.的电场，不知道template.gjf文件是否可以这样写，我主要是不知道偶极矩矢量应该放在那个位置？
%mem=32000MB
%nprocshare=16
#P b3lyp/6-311+G(2d,p) em=gd3bj ExtraLinks=L608 nosymm field=read

opted geometry

0 1
[geometry]

0.00429265 -0.00048338 -0.00251784

-5 5

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 03:41

小崔发表于 2025-4-8 18:39
老师，我想在sobEDAw中加电场算能量分解分析，我想沿着偶极矩方向加0.005a.u.的电场，不知道template.gjf ...

你先把外场矢量设0 0 0，如果算出来结果和不设电场一致，说明格式没问题

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