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标题: 怪事：Gaussian运行时CPU占不满 [打印本页]

作者
Author: Accelerator 时间: 2020-12-7 17:19
标题: 怪事：Gaussian运行时CPU占不满
近日发现很多Gaussian任务运行起来出奇的慢，查看了一下机器的CPU占用情况，发现是很多情况下Gaussian虽然在gjf文件里指定了并行，但实际上占用的CPU资源远少于通过nprocshared指定的。
类型1
输入文件示例：

%nprocshared=8
%mem=12GB
# opt gen mn15l scf=xqc
opt
-1 8
Fe 0.54628098 -0.49170929 -1.64724167
Fe 0.20361797 1.61684662 0.96045771
S -1.04332306 -1.05480271 0.85744828
S 1.14778115 -1.54791527 1.21906735
S -0.85435704 1.47758065 -1.38973167
@ma-TZVP.txt

复制代码

在一台用了很久的6139*2（128 GB内存）的机子上运行（此前没有发现过类似现象），使用G16，大多数时间l502.exe实际占用的CPU核心数只有4-5核，甚至还有只使用1核的时候。看到这里可能会觉得是否是由于原子数太少；确实这个机子上目前运行的任务都比较小，这段时间机器又非常满，暂时没有做过更大体系的测试。

类型2
在另一台2696v3（单路，32 GB内存，使用G09）的机子上，则更为诡异：这个时候，不论体系有多大（从几个原子到~100原子的DFT单点任务），只要%mem指定的内存数大于10 GB，不论nprocshared指定使用多少核心，l502.exe就会在大多数时间只占用1核，与此同时，即使只是单点，也会占用~10 GB的内存；而当%mem设置为10 GB以下时就没有任何异常了，指定使用18核，用top一看肯定是1800%占得满满的。

这一现象属实诡异，不知大家是否有遇到过。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-7 17:21
scf=noincore大概率能解决
内存给得较大的时候，自动用incore方式处理电子积分，此时并行效率很低，甚至还不如direct方式快

作者
Author: Accelerator 时间: 2020-12-15 17:50

sobereva 发表于 2020-12-7 17:21
scf=noincore大概率能解决
内存给得较大的时候，自动用incore方式处理电子积分，此时并行效率很低，甚至还 ...

确实如此，学到了。
不过incore方式什么时候会导致该现象的规律十分成谜，不写scf=incore时完全相同的输入文件在一台机子上就只能实际占用1核，放到另一台机子上则能差不多满核运行，不知道是机器的什么因素产生了影响。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-16 01:54

Accelerator 发表于 2020-12-15 17:50
确实如此，学到了。
不过incore方式什么时候会导致该现象的规律十分成谜，不写scf=incore时完全相同的输 ...

原理上，如果关键词相同，用什么方式处理积分和给的内存量、并行线程数有关。不同版本的规则也可能有所不同。对于大内存机子算不是很大体系的情况，可以总写上scf=noincore或者在default.rou里加上以求保险。

作者
Author: TaylorWu 时间: 2021-1-4 20:40
我也遇到过类似问题，貌似是体系原子数比较少的时候会出现，在输出文件里面可以看到它在计算的中间会说只调用xx个核心，推测是默认的方法对于小计算体系不能调用太多核心。

作者
Author: abin 时间: 2021-1-4 23:11
班级有三十人
班主任拿来五箱苹果
说两个同学负责洗一箱苹果
当然会有部分同学坐着啥也不干了

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