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标题: oniom优化激发态键断裂怎么解决？ [打印本页]

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Author: zj123_45 时间: 2020-12-7 17:22
标题: oniom优化激发态键断裂怎么解决？
老师们好，我基于oniom模型优化的s0结构再优化s1结构，输入文件如图
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优化后的s1结构用gview打开，Br原子与碳原子之间的键总是断开，但输出文件未报错，优化的几个量也没有震荡，那么键断裂是由于不收敛造成的吗？应该怎么解决呢，谢谢老师们。

下图一是优化后的S1结构，二是隐藏低层分子的S1结构，可以看到Br-C之间的键断裂。
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作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-7 17:26
和是否收敛毫无关系，和是否用ONIOM也没有必然联系

你先在真空下对高层的分子做个激发态优化，很可能也是断键的。碰到复杂情况先把问题简化

作者
Author: zj123_45 时间: 2020-12-7 17:43

sobereva 发表于 2020-12-7 17:26
和是否收敛毫无关系，和是否用ONIOM也没有必然联系

你先在真空下对高层的分子做个激发态优化，很可能也 ...

老师，我优化过真空下单分子的S1，键没有断裂。我想是否跟我用oniom时选择的高层分子有关呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-7 21:38
怀疑是有的MM原子位置有误，画到QM区了。
我们这边之前遇到过QM/MM调整MM区结构的时候不小心把一个MM苯环挪到了一根QM C-C键中间，结果C-C键因为QM-MM的范德华排斥力断裂了，可能你这个也是一样的问题。

作者
Author: zj123_45 时间: 2020-12-8 09:15

wzkchem5 发表于 2020-12-7 21:38
怀疑是有的MM原子位置有误，画到QM区了。
我们这边之前遇到过QM/MM调整MM区结构的时候不小心把一个MM苯环 ...

老师那怎么判断是这种问题造成的呢，因为我是从晶胞中得到的结构，隐藏低层区后显示的QM区结构没有多或者少

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-8 19:04
本帖最后由 wzkchem5 于 2020-12-8 19:06 编辑

zj123_45 发表于 2020-12-8 09:15
老师那怎么判断是这种问题造成的呢，因为我是从晶胞中得到的结构，隐藏低层区后显示的QM区结构没有多或者 ...

不是说QM区选错了，而是MM原子和QM原子的相对位置可能有问题。你放大看一下QM区附近的MM原子就知道了

作者
Author: zj123_45 时间: 2020-12-9 11:15

wzkchem5 发表于 2020-12-8 19:04
不是说QM区选错了，而是MM原子和QM原子的相对位置可能有问题。你放大看一下QM区附近的MM原子就知道了

我看了相对位置没有看出异常，但是我把qm下方分子去掉重新优化s1就可以了，应该也是由于先前qm-mm之间的力使它键断的吧，但是这样做是不是不能准确模拟固态环境了，想问一下您当时是怎么解决的？谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-9 11:39

zj123_45 发表于 2020-12-9 11:15
我看了相对位置没有看出异常，但是我把qm下方分子去掉重新优化s1就可以了，应该也是由于先前qm-mm之间的 ...

我们当时就是把那个苯环挪走就行了。
另外我之前没有注意到你算的是S1态，溴苯的S1态本来就是很容易断键的，C-Br键能特别弱，MM区稍微有一点变化就有可能由成键变成断键，所以这个是正常的，对应到实验上就是这个分子对光敏感，会光解。

作者
Author: zj123_45 时间: 2020-12-9 12:18

wzkchem5 发表于 2020-12-9 11:39
我们当时就是把那个苯环挪走就行了。
另外我之前没有注意到你算的是S1态，溴苯的S1态本来就是很容易断键 ...

嗯嗯好的，谢谢您！

作者
Author: zj123_45 时间: 2020-12-10 10:39

sobereva 发表于 2020-12-7 17:26
和是否收敛毫无关系，和是否用ONIOM也没有必然联系

你先在真空下对高层的分子做个激发态优化，很可能也 ...

老师，我想要计算聚集状态下的重组能以及荧光速率需要优化S1态。真空下单分子S1是没有断键出现的，而聚集下s1断键多半是由于Br-C键能低，mm区影响明显造成的，所以能不能用oniom优化完S0后取出qm的单分子做S1优化呢，这样能区别出与溶液或气相的差异吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-10 19:29

zj123_45 发表于 2020-12-10 10:39
老师，我想要计算聚集状态下的重组能以及荧光速率需要优化S1态。真空下单分子S1是没有断键出现的，而聚集 ...

得说清楚MM层和QM层怎么作用的，如果是电子嵌入，MM层的原子电荷怎么确定的。细节可能严重影响结果

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Author: zj123_45 时间: 2020-12-10 22:49

sobereva 发表于 2020-12-10 19:29
得说清楚MM层和QM层怎么作用的，如果是电子嵌入，MM层的原子电荷怎么确定的。细节可能严重影响结果

老师，我用的是电子嵌入，mm电荷是自动确定的。关键词#p opt oniom(b3lyp/6-31g(d) TD:uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-13 04:25

zj123_45 发表于 2020-12-10 10:39
老师，我想要计算聚集状态下的重组能以及荧光速率需要优化S1态。真空下单分子S1是没有断键出现的，而聚集 ...

显然这样优化S1就体现不了周围的环境效应
也可以不考虑静电嵌入，看看只有力学作用会怎么影响激发态的C-Br键
另外也可以做激发态C-Br键长的扫描，了解一下这个键在激发态的特征

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