计算化学公社

标题: 差分电荷密度图成键结构分析求助 [打印本页]

作者
Author: 科研菜菜 时间: 2020-12-7 20:58
标题: 差分电荷密度图成键结构分析求助
想问下各位，我在计算图中这个模型的时候，理论上吸附能很低，并且吸附质分子与石墨烯表面不成键，这样画出来的差分电荷图对吗，为什么感觉石墨烯表面与吸附质分子一层的是蓝色，而另一侧是黄色，这是意味着表面C电荷平衡吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-7 21:28
问这类问题需要明确说清楚颜色代表的含义，否则图像没有任何意义

看上去明显不正常，密度差计算过程有问题

作者
Author: 科研菜菜 时间: 2020-12-7 21:35

sobereva 发表于 2020-12-7 21:28
问这类问题需要明确说清楚颜色代表的含义，否则图像没有任何意义

看上去明显不正常，密度差计算过程有问 ...

黄色代表电荷聚集，蓝色代表失去电荷。我计算是用VASP计算的，首先分别计算了AB、A、B构型的电荷，然后用vesta分别以此导入相减。

作者
Author: 科研菜菜 时间: 2020-12-7 21:39
这个图片是用同样的方法计算的其它体系的差分电荷密度，这个有问题吗

作者
Author: 科研菜菜 时间: 2020-12-7 21:47

sobereva 发表于 2020-12-7 21:28
问这类问题需要明确说清楚颜色代表的含义，否则图像没有任何意义

看上去明显不正常，密度差计算过程有问 ...

您好，我还想问一下就是在计算石墨烯这种二维体系吸附其他物种的时候，需要额外添加电场或偶极参数等吗，我计算的这个会不会跟这些因素有关

作者
Author: DMYYCG 时间: 2020-12-10 10:06
你的真空层是多少，感觉像是真空层太小

作者
Author: 科研菜菜 时间: 2020-12-11 16:23

DMYYCG 发表于 2020-12-10 10:06
你的真空层是多少，感觉像是真空层太小

我的真空层设置的是15

作者
Author: DMYYCG 时间: 2020-12-11 17:12
本帖最后由 DMYYCG 于 2020-12-11 17:15 编辑

科研菜菜发表于 2020-12-11 16:23
我的真空层设置的是15

吸附分子与石墨烯表面的距离是多少？减了吸附分子的CHGCAR么？

作者
Author: 科研菜菜 时间: 2020-12-14 16:00

DMYYCG 发表于 2020-12-11 17:12
吸附分子与石墨烯表面的距离是多少？减了吸附分子的CHGCAR么？

我找到问题所在了，在计算吸附分子的电荷时不小心改变了位置坐标，所以就出现了这种错误

作者
Author: DMYYCG 时间: 2020-12-16 11:36

科研菜菜发表于 2020-12-14 16:00
我找到问题所在了，在计算吸附分子的电荷时不小心改变了位置坐标，所以就出现了这种错误

改变位置坐标你只什么，优化完坐标是本来就有改变的呀，再自洽也是原来的优化后改变的坐标啊

作者
Author: 科研菜菜 时间: 2020-12-17 20:04

DMYYCG 发表于 2020-12-16 11:36
改变位置坐标你只什么，优化完坐标是本来就有改变的呀，再自洽也是原来的优化后改变的坐标啊

就是在优化AB后，计算B的时候直接减去A，而不是单独再优化B

作者
Author: lyl0401 时间: 2022-12-4 19:14

DMYYCG 发表于 2020-12-16 11:36
改变位置坐标你只什么，优化完坐标是本来就有改变的呀，再自洽也是原来的优化后改变的坐标啊

就是在优化AB后，计算B的时候直接减去A，而不是单独再优化B
您好，这个减去操作是怎么做的呀？

作者
Author: lyl0401 时间: 2022-12-4 19:14

科研菜菜发表于 2020-12-17 20:04
就是在优化AB后，计算B的时候直接减去A，而不是单独再优化B

是直接用VASTA嘛？还是

作者
Author: Sharkpeppers 时间: 2023-11-6 10:24

lyl0401 发表于 2022-12-4 19:14
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