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标题: 求助—X particles communicated to PME node 2 are more than 2/3 times the cut-... [打印本页]

作者
Author: Sasuke 时间: 2020-12-7 21:17
标题: 求助—X particles communicated to PME node 2 are more than 2/3 times the cut-...
体系是80个聚合度20的聚异戊二烯熔体，一共有20960个原子。在用24个核跑时候出现了下图中的报错，请问下怎么解决呢？参数设置如下：
dt                      = 0.001    ; ps
nsteps                = 5000000 ; 10ns
nstcomm                = 1
comm_mode             = Linear
nstxout                = 0
nstvout                = 0
nstfout                = 0
nstlist                = 10
nstlog                = 10000
nstenergy             = 10000
nstxtcout             = 10000
xtc-precision          = 1000
xtc_grps                =
energygrps             =
pbc                   = xyz
ns_type                = grid
rlist                   = 1.2
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
rvdw                   = 1.2
DispCorr                = EnerPres
fourierspacing    =  0.12
fourier_nx       =  0
fourier_ny       =  0
fourier_nz       =  0
pme_order          =  4
ewald_rtol       =  1e-5
optimize_fft       =  yes
tcoupl                = Berendsen
tc-grps                = System
tau_t                   = 0.4
ref_t                   = 300
Pcoupl                = Berendsen
pcoupltype             = isotropic
tau_p                   = 1.0
compressibility       = 4.0e-5
ref_p                   = 1.0
gen_vel                = yes
gen_temp                = 300
gen_seed                = 1212
constraint_algorithm    = lincs

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-7 21:31
如果刚开始就这样，很可能是崩了
通常不建议gen_vel=yes结合不是很低的温度，初始速度太大容易崩溃。应当先做能量极小化，然后从0K缓慢升温
亦有可能是模型问题，或者拓扑文件和参数有问题

作者
Author: Sasuke 时间: 2020-12-10 11:39
本帖最后由 Sasuke 于 2020-12-10 11:48 编辑

编辑出错了社长直接看下面那条就行

作者
Author: Sasuke 时间: 2020-12-10 11:47

sobereva 发表于 2020-12-7 21:31
如果刚开始就这样，很可能是崩了
通常不建议gen_vel=yes结合不是很低的温度，初始速度太大容易崩溃。应当 ...

社长我还想请教个问题如果我在 moleculetype 中设置nrexcle=3 这样的话是只屏蔽了例如下图中原子i和i+3之间的非键相互作用但是没有屏蔽i和i+1，i+2之间的非键相互作用嘛？如果想把原子i 和i+1，i+2之间的非键作用也屏蔽是不是要在 exlusions 或者 pairs 中单独设置？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-10 19:36

Sasuke 发表于 2020-12-10 11:47
社长我还想请教个问题如果我在 moleculetype 中设置nrexcle=3 这样的话是只屏蔽了例如下图中原子i和i+3 ...

nrexcle=3 代表不计算相隔<=3个键的非键作用，显然i和i+1、i+2的非键作用也不计算

作者
Author: Sasuke 时间: 2020-12-16 09:40

sobereva 发表于 2020-12-10 19:36
nrexcle=3 代表不计算相隔

那如果设置nrexcle=3 然后我在[ pairs ]里定义1-4对相互作用设置[ defaults ]中的 gen-pairs=yes fudgeLJ=0.5 fudgeQQ=0.5 这样还会计算1-4相互作用么？nrexcle 和 paris有优先级嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-17 09:37

Sasuke 发表于 2020-12-16 09:40
那如果设置nrexcle=3 然后我在[ pairs ]里定义1-4对相互作用设置[ defaults ]中的 gen-pairs=yes fudge ...

1-4作用和非键作用被gmx当做是两码事，nrexcle控制后者，[pairs]控制前者算哪些。

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