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标题: 求助：关于一个分子不同基团之间的径向分布函数的计算 [打印本页]

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2020-12-8 10:09
标题: 求助：关于一个分子不同基团之间的径向分布函数的计算
各位老师好，看到一篇文献里如下图所示用GMX对一个结构的rdf进行了计算，他把一个分子分成Donor和Acceptor两部分，分别计算了：（1）体系中所有Donor和Acceptor基团间的rdf;（2）一个分子的Acceptor/Donor与其它分子的Acceptor/Donor间的rdf; 对此想请教一下大家：1、如何把一个结构分成几部分来计算不同部分间的rdf？
2、如图中蓝线计算一个分子的Donor与周围不同分子的Acceptor间的rdf时，如何排除自身分子中的Acceptor?
3、这些rdf是否体现的是不同基团质心间的距离？（如果是计算体系分子MOL间的rdf用 -ref "mol_com of resname MOL" -sel "mol_com of resname MOL"对吗？）
谢谢老师解答！
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作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-9 03:30
1 把每个分子那两个部分分别定义成不同残基名，然后用res_com of resname xxx方式来选择叫xxx的残基的质心
2 较大可能是作者自己写的分析代码或者借助其它轨迹分析库实现的，光靠gmx rdf应当实现不了
3 是。对

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2020-12-9 09:08

sobereva 发表于 2020-12-9 03:30
1 把每个分子那两个部分分别定义成不同残基名，然后用res_com of resname xxx方式来选择叫xxx的残基的质心
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好的，了解了，非常感谢sob老师

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