计算化学公社

标题: 请问如何从lammp的data文件中获取成键信息？ [打印本页]

作者
Author: vimalakirti_lee 时间: 2020-12-8 10:36
标题: 请问如何从lammp的data文件中获取成键信息？
1. 通过MS得到了体系的data文件，里面包括了结构、成键、力场等信息。
2. 现在想要得到每种成键类型对应的原子类型。
3. 请问有什么方法吗？
注：尝试通过topotol，但发现用retypebond之后成键类型的编号改变了（这样成键类型就跟原来的bond coeffts不一致的），对topotool而言有没有不改变成键类型编号就能获得每种成键类型包括哪些成键原子类型的方式呢？

谢谢~

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-12-8 11:15
DATA文件本来就是文本文件简单易读，自己写个脚本统计一下就ok

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-12-8 11:44
vmd中可以通过addbond添加键，然后用-bondtype设定原子类型
例：
topo addbond 1 2 -bondtype 2

作者
Author: vimalakirti_lee 时间: 2020-12-8 23:22

liuyuje714 发表于 2020-12-8 11:15
DATA文件本来就是文本文件简单易读，自己写个脚本统计一下就ok

谢谢刘老师

作者
Author: vimalakirti_lee 时间: 2020-12-8 23:23

Lacrimosa 发表于 2020-12-8 11:44
vmd中可以通过addbond添加键，然后用-bondtype设定原子类型
例：
topo addbond 1 2 -bondtype 2

好的，谢谢您~

作者
Author: lxd123 时间: 2024-5-20 20:53

vimalakirti_lee 发表于 2020-12-8 23:22
谢谢刘老师

你好，请问具体是什么脚本

作者
Author: lxd123 时间: 2024-5-20 20:54

liuyuje714 发表于 2020-12-8 11:15
DATA文件本来就是文本文件简单易读，自己写个脚本统计一下就ok

你好，请问具体是什么脚本

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)