计算化学公社

标题: 求助 gmx sasa如何得到四列数据 [打印本页]

作者
Author: 19211030070 时间: 2020-12-8 15:31
标题: 求助 gmx sasa如何得到四列数据

我目前想要计算蛋白的极性表面积和疏水表面积，看到说gmx sasa可以实现该功能，使用命令gmx sasa -f production_500ns-noPBC.xtc -s production_500ns.tpr -n index2.ndx -surface -o analyze/sasa.xvg -q analyze/connolly.pdb 但只得到一列数据——总的溶剂可及表面积，想问问各位大神如何解决，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-8 23:24
(, 下载次数 Times of downloads: 79)

作者
Author: 19211030070 时间: 2020-12-9 11:32

sobereva 发表于 2020-12-8 23:24

！！谢谢老师！

作者
Author: ShTa 时间: 2021-4-10 22:09

sobereva 发表于 2020-12-8 23:24

老师你好，

我想分别计算一个短链氨基酸的亲水和疏水的sasa。因此我分别了
gmx sasa -f a.xtc -s a.tpr -o x.xvg -surface 'group protein'  -output '"Hydrophobic" group "protein" and charge {-0.2 to 0.2}' 计算疏水
gmx sasa -f a.xtc -s a.tpr -o x.xvg -surface 'group protein'  -output '"Hydrophilic" group "protein" and not charge {-0.2 to 0.2}'计算亲水
gmx sasa -f a.xtc -s a.tpr -o x.xvg -surface 'group protein'  -output '"Hydrophobic" group "protein" and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group "protein" and not charge {-0.2 to 0.2}'计算总和
gmx sasa -f a.xtc -s a.tpr -o x.xvg -surface 'group protein'  -output '"Hydrophobic" group "protein" and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group "protein" and not charge {-0.2 to 0.2}''; "Total" group "protein"' 计算总和
我发现这四个命令得到的结果都是一样的，在xmgrace上作图得到四条一摸一样的线条

请问老师和各朋友是我的命令输入有问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-12 08:40
直接运行
gmx sasa -f md.xtc -s md.tpr -surface 'group protein' -output '"Hydrophobic" group protein and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group protein and not charge {-0.2 to 0.2}'
然后运行xmgrace -nxy area.xvg就完了，会得到这样的图

(, 下载次数 Times of downloads: 53)

作者
Author: ShTa 时间: 2021-4-12 21:39

sobereva 发表于 2021-4-12 08:40
直接运行
gmx sasa -f md.xtc -s md.tpr -surface 'group protein' -output '"Hydrophobic" group protein ...

谢谢老师，问题解决了。

问题出现在我每次用xmgrace作图都先将xvg改为dat再导入作图。用-nxy可以直接打开xvg文件。

作者
Author: atomhong 时间: 2021-5-24 17:20
(, 下载次数 Times of downloads: 58) 我使用那个算亲水组疏水组的语句为什么一直报语法错误啊，这是什么原因，group改了好几个方式都不行

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-1 16:03

atomhong 发表于 2021-5-24 17:20
我使用那个算亲水组疏水组的语句为什么一直报语法错误啊，这是什么原因，group改了好几个方式都不行

跟shell有关
如果在windows下运行的，改用linux

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Author: Zshuaikust 时间: 2021-11-26 15:31

atomhong 发表于 2021-5-24 17:20
我使用那个算亲水组疏水组的语句为什么一直报语法错误啊，这是什么原因，group改了好几个方式都不行

Windows的语法错误，可以使用把命令复制在bsh脚本中直接运行即可。

作者
Author: Jus 时间: 2022-11-29 21:00

sobereva 发表于 2021-6-1 16:03
跟shell有关
如果在windows下运行的，改用linux

老师，我的显示Invalid selection 'Hydrophobic group protein and charge {-0.2 to 0.2}'
Near 'group'是为什么

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-30 09:07

Jus 发表于 2022-11-29 21:00
老师，我的显示Invalid selection 'Hydrophobic group protein and charge {-0.2 to 0.2}'
Near ' ...

我已经明确说了，甭在windows下运行

作者
Author: Jus 时间: 2022-12-1 15:28

sobereva 发表于 2022-11-30 09:07
我已经明确说了，甭在windows下运行

好的好的，谢谢sob老师

作者
Author: Das 时间: 2023-8-28 18:28

sobereva 发表于 2020-12-8 23:24

老师您好！请问“按照电荷在-0.2~0.2区间作为疏水区域”这个定义有相关的参考文献吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 19:59

Das 发表于 2023-8-28 18:28
老师您好！请问“按照电荷在-0.2~0.2区间作为疏水区域”这个定义有相关的参考文献吗？

google搜或许能搜到一些

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