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标题: 计算盒子中未被分子占据的体积——gmx freevolume和gmx sasa有何区别 [打印本页]

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Author: jimulation 时间: 2020-12-8 16:27
标题: 计算盒子中未被分子占据的体积——gmx freevolume和gmx sasa有何区别
想得到最后一帧的盒子中未被COF分子占据的体积，采用gmx freevolume和gmx sasa分别进行了计算，命令如下：
gmx freevolume -f cof.xtc -s cof.tpr -b 5000 -select 'resname cof' -rmpbc yes -ninsert 30000 -radius 0 -o freevcof.xvg
gmx sasa -f cof.xtc -s cof.tpr -b 5000 -n freevolume.ndx -rmpbc yes -pbc yes -probe 0 -ndots 24000 -tv sasavcof.xvg （选区步骤选择了COF组）

gmx freevolume得到的结果是76.640（自由体积百分比）、 453.100（盒子总体积,nm^3），从而盒子中未被COF占据的体积为453.100*0.7664=347.256（nm^3）。
gmx sasa得到的结果是104.897（所选COF总体积），从而盒子中未被COF占据的体积为 453.100-104.897=348.203（nm^3）。

在上面的命令中，-radius 0和-probe 0都是设置探针半径为0，根据sob老师的此帖http://sobereva.com/102，此时帖子中的A、B、C表面，即范德华表面、Connolly表面、溶液可及表面应该是等价的。但是为什么算出来的自由体积不严格一致呢？是不是还有其他选项对结果有影响？

求各位指点

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Author: sobereva 时间: 2020-12-9 02:42
这点数值差异没必要追究，不同子程序用的算法细节都有所不同

作者
Author: jimulation 时间: 2020-12-9 08:51

sobereva 发表于 2020-12-9 02:42
这点数值差异没必要追究，不同子程序用的算法细节都有所不同

明白了，谢谢sob老师

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