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标题: 求助：蛋白质生成两个chain后做小分子和蛋白质的时候如何修改itp文件 [打印本页]
作者
Author: BabysBreath    时间: 2020-12-9 17:42
标题: 求助：蛋白质生成两个chain后做小分子和蛋白质的时候如何修改itp文件
麻烦问一下各位老师，我用来做MD的蛋白质因为包含ca和cl所以生成了两个chain，并且我想把这个蛋白用来做小分子的MD。但是我之前学的教程并没有给出这种问题的处理方案，根据官方教程5，其他的地方都没有问题，只有在itp文件的时候我不知道该怎么修改（如图，因为两个chain生成了两个itp并且topol.top没有像教程这样有itp这行），所以想麻烦问一下各位老师怎么做呢？另外还想麻烦问一下根据科音各位大大们给的图片，前面几部我基本都会做，但是到把配体的itp引入到.top中的时候我就不太会了，所以也想麻烦问一下各位老师有更具体的处理教程嘛？谢谢老师！
作者
Author: sobereva    时间: 2020-12-9 19:06
把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件：

  1. ; Include forcefield parameters
  2. #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"

  4. ; Include chain topologies
  5. #include "BEN_GMX.itp"
  6. #include "topol_Protein_chain_A.itp"
  7. #include "topol_Ion_chain_A2.itp"

  9. ; Include water topology
  10. #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"

  12. #ifdef POSRES_WATER
  13. ; Position restraint for each water oxygen
  14. [ position_restraints ]
  15. ;  i funct       fcx        fcy        fcz
  16.    1    1       1000       1000       1000
  17. #endif

  19. ; Include topology for ions
  20. #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"

  22. [ system ]
  23. ; Name
  24. CATIONIC TRYPSIN in water

  26. [ molecules ]
  27. ; Compound        #mols
  28. Protein_chain_A     1
  29. Ion_chain_A2        1
  30. BEN                 1
  31. SOL         9127
  32. CL               9
复制代码



作者
Author: BabysBreath    时间: 2020-12-10 08:23
sobereva 发表于 2020-12-9 19:06
把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件：

好哒，我试一下，谢谢社长！
作者
Author: BabysBreath    时间: 2020-12-14 09:39
sobereva 发表于 2020-12-9 19:06
把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件：

不好意思还得麻烦问社长一个问题，之前的我做成功了，然后我现在卡在了后面做限制性动力学这部上了，我之前的时候都是更改topol.top里的porse.itp文件，但是有了ca和cl之后这个文件就没有了，所以想麻烦问一下社长这一步怎么做呢？谢谢社长
作者
Author: sobereva    时间: 2020-12-15 02:20
BabysBreath 发表于 2020-12-14 09:39
不好意思还得麻烦问社长一个问题，之前的我做成功了，然后我现在卡在了后面做限制性动力学这部上了，我之 ...

用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息，插入到恰当位置就完了
作者
Author: BabysBreath    时间: 2020-12-15 10:52
sobereva 发表于 2020-12-15 02:20
用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息，插入到恰当位置就完了

就是topol.top不需要在include了嘛？
作者
Author: BabysBreath    时间: 2020-12-15 12:07
sobereva 发表于 2020-12-15 02:20
用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息，插入到恰当位置就完了

不好意思社长，我刚才又看了一下，我还有一个问题就是怎么把配体的itp文件引入到.top中，以及在哪儿设置.top中各种分子数呢？谢谢社长~
作者
Author: sobereva    时间: 2020-12-16 01:43
BabysBreath 发表于 2020-12-15 12:07
不好意思社长，我刚才又看了一下，我还有一个问题就是怎么把配体的itp文件引入到.top中，以及在哪儿设置. ...

#include 配体.itp

[molecules]里设
作者
Author: BabysBreath    时间: 2020-12-17 15:08
sobereva 发表于 2020-12-16 01:43
#include 配体.itp

[molecules]里设

好的，谢谢社长！



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