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标题: 求助：使用Ligpargen生成Lammps的data文件时原子类型不归类的问题 [打印本页]

作者
Author: YZH_jesse 时间: 2020-12-9 21:47
标题: 求助：使用Ligpargen生成Lammps的data文件时原子类型不归类的问题
各位老师好，我在使用Ligpargen来生成LAMMPS在OPLS-AA力场下的拓扑文件，出现的问题就是：它给我创建的分子（异丙基丙烯酰胺）的所有原子都分配了原子类型，并且在data文件中没有任何的注释。
问题1：在这种情况下我如何能够获取势函数相关系数所对应的原子种类（们）呢？

问题2：当这个单体逐渐形成聚合物的时候（50个单体），Ligpargen就会产生852个原子类型，以及数不胜数的bond、angle、dihedral、improper参数，如何把一类参数规整成为一个参数呢？

分子为：异丙基丙烯酰胺
分子构象如下图：
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该分子的 .pdb 文件在附件中给出
由Ligpargen输出的data文件也在附件中给出（该data文件内为由五个该单体组成的单链结构）

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2021-9-10 21:38
您好！请问您解决这个问题了么？怎么解决的呢？

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