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标题: 如何模拟一个蛋白和三个一样配体的复合物？ [打印本页]

作者
Author: CherylCi 时间: 2020-12-10 19:43
标题: 如何模拟一个蛋白和三个一样配体的复合物？
本帖最后由 CherylCi 于 2020-12-10 20:37 编辑

本来是将配体单独生成gro和itp文件，但是在定义添加盒子和添加溶剂，输入gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr,显示Fatal error:
syntax error - File K92.itp,line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

（配体1和2的itp文件内容一样，配体3因为是重对接，略有差异）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-10 19:53
top里字段顺序不对，老生常谈的问题，仔细检查

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

以后求助这类问题起码把top文件和里面引入的分子的itp都给出

作者
Author: CherylCi 时间: 2020-12-10 20:42
谢谢老师，但是我看了一下配体itp文件顺序atomtypes在moleculetype之前，是哪里出了问题呢

作者
Author: CherylCi 时间: 2020-12-11 09:34

sobereva 发表于 2020-12-10 19:53
top里字段顺序不对，老生常谈的问题，仔细检查

谢谢老师，但是我看了一下配体itp文件顺序atomtypes在moleculetype之前，是哪里出了问题呢.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-11 11:17

CherylCi 发表于 2020-12-10 20:42
谢谢老师，但是我看了一下配体itp文件顺序atomtypes在moleculetype之前，是哪里出了问题呢

仔细看一下sob老师的ppt，atomtypes没有在moleculetype之前只是常见错误之一，不是唯一可能的错误，上面黑字的部分也要严格按照ppt里的顺序

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