计算化学公社

标题: 求助：GAFF力场模拟高分子怎么获取RESP [打印本页]

作者
Author: Sinddo 时间: 2020-12-10 21:31
标题: 求助：GAFF力场模拟高分子怎么获取RESP
以前模拟用GAFF模拟小分子的时候，一般DFT+Multiwfn算RESP。现在要算一个上千原子的聚合物，DFT应该算不动，请问大家遇到这种问题的合理解决方法是什么？可以用PM6等半经验方法+Multiwfn计算RESP吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-10 22:14
显然用模型体系来算
此文里已经示例了怎么算氨基酸残基的RESP电荷，通过对两边加上甲胺和乙酰封闭来构造模型体系
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

对聚合物也是类似的。例如：
(, 下载次数 Times of downloads: 32)

Multiwfn根本不支持PM6波函数。真是大到DFT算不动肯定是用xtb跑GFN-xTB结合Multiwfn，例如此文
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://sobereva.com/481（http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html）
然而GFN-xTB级别的静电势的质量太low，用于计算跑动力学的拟合静电势电荷明显不适合。所以聚合物类型的体系都应当靠模型体系来得到各种单元的RESP电荷。

作者
Author: Sinddo 时间: 2020-12-11 08:52

sobereva 发表于 2020-12-10 22:14
显然用模型体系来算
此文里已经示例了怎么算氨基酸残基的RESP电荷，通过对两边加上甲胺和乙酰封闭来构造模 ...

谢谢社长~

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-12-16 14:43

sobereva 发表于 2020-12-10 22:14
显然用模型体系来算
此文里已经示例了怎么算氨基酸残基的RESP电荷，通过对两边加上甲胺和乙酰封闭来构造模 ...

老师，您好，那如果每个重复单元有很长的烷基侧链，导致三个重复单元合起来原子很多，优化很慢，怎么办呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-17 09:33

破晓时的曙光发表于 2020-12-16 14:43
老师，您好，那如果每个重复单元有很长的烷基侧链，导致三个重复单元合起来原子很多，优化很慢，怎么办呢 ...

把两边的单元只保留与中间单元挨得最近的的一些原子就够了，末端用氢封上。

作者
Author: Sinddo 时间: 2020-12-17 14:57

sobereva 发表于 2020-12-10 22:14
显然用模型体系来算
此文里已经示例了怎么算氨基酸残基的RESP电荷，通过对两边加上甲胺和乙酰封闭来构造模 ...

一番折腾最终还是用了OPLS-AA力场，想问下社长，如果搭配CM5电荷的话也可以用模型体系来算吗？我看到Multiwfn中算CM5电荷不能对单元电荷进行约束，这样算出来的单元模型电荷不为0，是人工平摊一下还是用OPLS-AA+RESP的组合呢？

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-12-17 20:58

Sinddo 发表于 2020-12-17 14:57
一番折腾最终还是用了OPLS-AA力场，想问下社长，如果搭配CM5电荷的话也可以用模型体系来算吗？我看到Mult ...

聚合物用GAFF不太能搞top文件吗？

作者
Author: Sinddo 时间: 2020-12-17 21:21

破晓时的曙光发表于 2020-12-17 20:58
聚合物用GAFF不太能搞top文件吗？

用在线的acpype搞不动上千原子的聚合物拓扑，又不想自己写，so...

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-12-17 23:59

sobereva 发表于 2020-12-17 09:33
把两边的单元只保留与中间单元挨得最近的的一些原子就够了，末端用氢封上。

老师，您好，再请教一个问题，如果每个重复单元的烷基侧链很长，我能不能把烷基侧链取下来，封端，然后约束原来烷基侧链部分电荷为0，另外，将去除烷基侧链的部分封端，然后约束原来部分电荷为0。最后将烷基侧链和去除烷基侧链的部分组合起来就是中间部分重复单元的电荷。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-18 05:54

Sinddo 发表于 2020-12-17 14:57
一番折腾最终还是用了OPLS-AA力场，想问下社长，如果搭配CM5电荷的话也可以用模型体系来算吗？我看到Mult ...

平摊是否合理看相差整数多大，差不多的话可以摊一摊
RESP和OPLS-AA的兼容性没有被系统性测试过，但我觉得也可以用

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-18 05:54

Sinddo 发表于 2020-12-17 21:21
用在线的acpype搞不动上千原子的聚合物拓扑，又不想自己写，so...

本来聚合物的拓扑文件就应当用pdb2gmx产生

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-18 05:56

破晓时的曙光发表于 2020-12-17 23:59
老师，您好，再请教一个问题，如果每个重复单元的烷基侧链很长，我能不能把烷基侧链取下来，封端，然后约 ...

可以

作者
Author: Sinddo 时间: 2020-12-18 09:17

sobereva 发表于 2020-12-18 05:54
平摊是否合理看相差整数多大，差不多的话可以摊一摊
RESP和OPLS-AA的兼容性没有被系统性测试过，但我觉 ...

收到，谢谢社长！

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-23 22:53

sobereva 发表于 2020-12-17 09:33
把两边的单元只保留与中间单元挨得最近的的一些原子就够了，末端用氢封上。

原来还可以这样哇学到了！

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