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标题: Bond Polarity Index（BPI）怎么算呢 [打印本页]

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Author: 郝玉蕾 时间: 2015-11-10 10:01
标题: Bond Polarity Index（BPI）怎么算呢
看到文献算[img=0,1]file:///C:\Users\junzhu\AppData\Roaming\Tencent\Users\1135261755\QQ\WinTemp\RichOle\28PI2PK%%LES5%TGD5P[P3J.png[/img] (, 下载次数 Times of downloads: 68) ,这个EI在高斯里该如何计算呢~附EI理论背景一张 (, 下载次数 Times of downloads: 67) ，谢谢大家啦

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Author: sobereva 时间: 2015-11-10 14:10
最好把文献直接传上来

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Author: 郝玉蕾 时间: 2015-11-10 18:27

sobereva 发表于 2015-11-10 14:10
最好把文献直接传上来

好哒！

作者
Author: 郝玉蕾 时间: 2015-11-10 18:29
附件是关于计算BPI的理论方法

作者
Author: 郝玉蕾 时间: 2015-11-10 19:32

郝玉蕾发表于 2015-11-10 18:27
好哒！

Sob老师，您是要写进Multiwfn嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-11 04:54
文献里那公式纯粹是把问题搞复杂了，让人看起来糊涂，其实原理非常简单。BPI只要你得到了EI就能马上得到，这里就说EI。Multiwfn极为灵活强大，算这个都不需要专门写新的代码。

f_ij那个量其实就是i分子轨道中j原子轨道的成份而已，也不知道作者怎么想的非要写成那个怪模样。用Multiwfn直接就得到了轨道成份，见《谈谈轨道成份的计算方法》（http://sobereva.com/131），手册4.8节有大量例子。文中用的计算轨道成份方法其实就是Mulliken方法，实际上你用Multiwfn支持的其它计算原子所占成分的方法也可以，诸如Hirshfeld。

EI_A的分子项就是：A原子在每个价层分子轨道中的轨道成份乘上这个分子轨道的占据数和轨道能，然后对所有价层分子轨道加和。用Multiwfn算出一批轨道中某原子的轨道成份后，拷到excel里，然后用主功能6的选项3可以显示所有分子轨道的能量，也拷到excel里，excel里编辑个简单公式让它们相乘再乘上轨道占据数后一加和立马就得到了。
EI_A的分母项就是：A原子在所有价层轨道中的布居数之和。在Multiwfn主功能6里选34就能把内层轨道占据数清零，然后你进主功能7用与获得轨道成份相同的方法做布居分析就行了（比如Hirshfeld算的轨道成份你就用Hirshfeld布居分析）。

EI_A的分子项和分母项一除，物理意义就是A原子平均每个价电子的能量。其实这和Multiwfn支持的平均局部离子化能(ALIE)极其相似，只不过ALIE是考虑所有分子轨道，并且考虑的是三维空间中每个点的电子能量。

BPI_AB反映的就是A、B两个原子的平均价电子能量的差异，由此试图衡量键的极性。但其实衡量键极性的方法有的是，没必要非得用这个定义。诸如NLMO键级就能反映键的极性，可以参看J. Phys. Chem. A, 117, 3100−3108 (2013)。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-11 06:22
花了也就半小时，写了50行代码，已经在Multiwfn中实现了，等有空的时候测试一下没问题就公开发布。

作者
Author: 郝玉蕾 时间: 2015-11-11 09:01

sobereva 发表于 2015-11-11 04:54
文献里那公式纯粹是把问题搞复杂了，让人看起来糊涂，其实原理非常简单。BPI只要你得到了EI就能马上得到， ...

爱死您了！！！

作者
Author: 郝玉蕾 时间: 2015-11-11 09:42
sob老师，其实我是在找group electronegativity 的时候追踪到这篇文献的，附件的第二篇文献讲的就一种group electronegativity算法，文献中也提到了其他很多算法，您看这个group electronegativity 合不合适在Multiwfn中实现呢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-11 17:52

郝玉蕾发表于 2015-11-11 09:42
sob老师，其实我是在找group electronegativity 的时候追踪到这篇文献的，附件的第二篇文献讲的就一种group ...

这个概念我不打算implement进Multiwfn。公式也很简单，甚至手算都行。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-14 00:37
已经在主页上更新了3.3.8(dev)版，可以算EI和BPI了，见手册3.200.12节的介绍和4.200.12节的例子，可以重复出原文的结果。基团电负性后来看了看就是算自由基的链接原子的EI而已，也是直接能算的。

作者
Author: 郝玉蕾 时间: 2016-5-19 10:43

sobereva 发表于 2015-11-14 00:37
已经在主页上更新了3.3.8(dev)版，可以算EI和BPI了，见手册3.200.12节的介绍和4.200.12节的例子，可以重复 ...

真抱歉，好久没上来了，真的谢谢您！马上就硕士毕业了，虽然不再继续做科研，但是真的真的特别感谢sob老师，感谢思想家公社群，感谢计算化学公社！祝福您身体健康，科研顺心，衷心祝愿Mutiwfn越来越强大，我们课题组一直在用哦，也发了不少文章

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