计算化学公社

标题: 求推荐MD基本算法的书籍 [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-12-11 09:30
标题: 求推荐MD基本算法的书籍
请问有什么书籍对于MD的基本算法有比较好的介绍？

作者
Author: yflchx 时间: 2020-12-11 09:36
本帖最后由 yflchx 于 2020-12-11 09:40 编辑

https://www.sciencedirect.com/bo ... olecular-simulation

Daan Frenkel and Berend Smit, Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications

涉及基本算法，应该不会过时吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-11 21:09
如果要求不是特别高，不需要自己写程序的话，把Leach的Molecular Modelling - Principles and Applications看了足矣

如果想自己写程序，2L提到的书，以及The Art of Molecular Dynamics Simulation、Computer simulation of liquids第二版可以看看

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-12-30 14:44

sobereva 发表于 2020-12-11 21:09
如果要求不是特别高，不需要自己写程序的话，把Leach的Molecular Modelling - Principles and Applications ...

谢谢。我想自己写一点程序加深自己的理解。请问哪里有什么中间结果可以对照一下么？

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-12-30 21:44
本帖最后由 k64_cc 于 2020-12-30 21:46 编辑

lqhenwunai 发表于 2020-12-30 14:44
谢谢。我想自己写一点程序加深自己的理解。请问哪里有什么中间结果可以对照一下么？

Tinker, DL_POLY, Lammps的源码都很直白，研究起来没什么难度。但是我觉着你是要学理论，也不是要学编程，不至于用这个。

积分的实现但凡支持矩阵都能整，matlab、python都行，写个LJ fluid，模拟之后和通用MD engine的结果对比一下就好了。
教材我更推荐Tuckerman的Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation，比较适合理论化学背景，而且很现代。

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-12-31 11:13
本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-12-31 11:15 编辑

k64_cc 发表于 2020-12-30 21:44
Tinker, DL_POLY, Lammps的源码都很直白，研究起来没什么难度。但是我觉着你是要学理论，也不是要学编程 ...

谢谢。我是始终觉得“纸上得来终觉浅”，所以想自己写个简单的code走一遍。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-2 00:12

lqhenwunai 发表于 2020-12-31 11:13
谢谢。我是始终觉得“纸上得来终觉浅”，所以想自己写个简单的code走一遍。

把这个看了足矣
http://bbs.keinsci.com/thread-10735-1-1.html

不打算自己写大型程序，没必要花太多时间在鼓捣编程上

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