计算化学公社

标题: 求助CP2K AIMD Velocity rescaling 方法的使用 [打印本页]

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-12-11 11:03
标题: 求助CP2K AIMD Velocity rescaling 方法的使用
大家好，最近在做一个周期性结构激发态的计算模拟，尝试用过几个程序，如PYXAID，和hefei-NAMD. 看了不少有关NAMD的计算，发现计算的步骤都基本如下： 1. 0K 优化
2. 加温到300K（多采用velocity rescaling 的方法）
3. NVE
4. NAC计算
5. NAMD计算
步骤2采用速度调节的方式加温平衡，个人不太清楚是否是出于计算成本的考虑，才使用这个方法快速的达到平衡。不知道是否可以采用NVT的方法进行平衡呢？
步骤3在NVE下进行轨迹的收集，有人说是保证电子跳跃过程保持能量守恒，个人不太清楚。是否可以将2 3合为1步，采用NVT 加温直至平衡呢？
最后发现CP2K中velocity rescaling 的方法并不太好用呢，平衡需要的时间较长将近5ps,这时候的结构虽说是平衡构型，但是和0K的结构差别很大，不知道是否影响后续的模拟呢？不过值得一提的是通过调节TIMCON 确实也能快速达到平衡，但是官网说会引入很大的认为误差。
哈哈哈，好纠结。毕竟一个NAMD的计算成本确实太高，所以希望能够尽量的做的更加的规范，以及避免出现一些致命的低级错误. 问题有点多，希望各位老师，同学不吝赐教！！！

作者
Author: wxhwbh 时间: 2020-12-11 19:08
1.你先了解一下轨迹动力学的思想。先做控温动力学直至体系平衡原因是体系在基态的分布是一个波包，平衡后的构型通过动力学采样就能得到符合这个波包分布的构象，这样就可以通过轨迹动力学的方法，跑多条轨迹后取轨迹系综平均来近似关联函数里的积分。你要知道你预想的基态分布是什么，然后再考虑用什么方法拿到这个分布。
2. 我不清楚你研究什么体系以及用什么方法，如果是surface hopping，是要在电子跳跃后对速度做校正保证能量守恒。你这里写的流程以及一些缩写我没看懂，你最好先把流程捋清楚。

作者
Author: zhou9527 时间: 2020-12-12 15:00

wxhwbh 发表于 2020-12-11 19:08
1.你先了解一下轨迹动力学的思想。先做控温动力学直至体系平衡原因是体系在基态的分布是一个波包，平衡后的 ...

谢谢老师您的回复，我用的是surface hopping的方法，所以说最终用来作系综平均的轨迹必须是NVE的结果是吗

作者
Author: Shana 时间: 2024-8-16 10:46
你好！请问，你是用的什么NAMD程序结合cp2k的？

作者
Author: zhou9527 时间: 2024-8-27 12:52

Shana 发表于 2024-8-16 10:46
你好！请问，你是用的什么NAMD程序结合cp2k的？

libra

作者
Author: Shana 时间: 2024-8-27 16:35

zhou9527 发表于 2024-8-27 12:52
libra

感谢您的回复！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)