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标题: gromacs npt过程报错求助 [打印本页]

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Author: liurongjuan 时间: 2020-12-13 20:28
标题: gromacs npt过程报错求助
请教下各位老师我建了一个表面接十二烷基硫醇的6nm的水球，将其放在15nm的盒子里，溶剂是氯仿分子，体系里面还放入了10个超分子，体系内共75170个原子，能量极小化后进行4ns的npt，但是npt过程中一直报错（如图片所示），减小dt至0.0002ns后也还是这样报错，请问下应该怎样修改呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-14 01:14
模拟体系不稳定，可能原因极多。仔细观看模拟轨迹，看是否有显著异常。拓扑文件、mdp不合理都很容易造成这种问题，仔细反复检查。并且试图减小体系组成的复杂度再试，反复对比弄清楚原因。

作者
Author: libo371324 时间: 2020-12-14 10:21
这个我遇到过，原来步长0.002ps就会出现这种情况，后来我改成了0.001ps，就正常啦，后面也没有问题

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