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标题: 用TS寻找C6H6质子迁移过程的过渡态，结果无限接近但不与目的C原子成键 [打印本页]

作者
Author: lyt0226 时间: 2020-12-14 10:05
标题: 用TS寻找C6H6质子迁移过程的过渡态，结果无限接近但不与目的C原子成键
各位老师大家好，

我最近在尝试计算C6H6^2+碎裂成CH3^+&C5H3^+这个反应路径，采用的方法和基组是m062x/def2svp，按照动力学模拟结果得到了其存在的质子迁移过程，尝试根据该过程去完成整个路径的模拟，成功地找到了前两个过渡态和中间态，但在计算第三个过渡态时（这一步是4号氢从3号C迁移到5号C上与之成键），我按照预想的质子迁移方向给出初参进行运算，得到的结果Normal termination满足有且只有一个虚频（但是较小，是有负100多），且虚频的振动方向接近预测的质子迁移方向，但是却没有和目的5C原子成键，只是位于其附近，按照该结构走IRC后发现质子迁移方向也基本正确，但就是没有与相应的5C原子成键，包括后续对IRC的结果进行优化时，4H也没有与5C成键，

想求助一下各位老师这种情况是否可以认为TS找对了，或者有什么改进的方法得到更准确的过渡态。具体的输入输出文件见附件

谢谢各位老师！

%mem=35GB
%nprocshared=16
%chk=175TS3.chk
#p opt=(calcfc,ts,noeigen,maxcycle=300,maxstep=5,notrust) m062x/def2svp freq

175TS3

2 1
C                1.27565404 0.30679995 0.06850476
H                2.25756190 0.72073983 0.16570978
C                0.15061706 1.11317652 0.28626812
H                0.17023617 2.66948633 0.44987664
C                -1.08717152 1.99807939 0.52526839
H                -1.52565269 2.53588665 -0.28923612
C                -1.37192150 -2.09146949 -0.52300783
H                -2.35338768 -2.50625033 -0.62036974
C                -0.12874906 -1.56624407 -0.39972458
H                -1.50859658 2.07504010 1.50575813
C                1.11483014 -1.04188485 -0.27666766
H                1.97396789 -1.65758368 -0.44302724

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-14 10:53
参见http://sobereva.com/414

作者
Author: lyt0226 时间: 2020-12-14 15:59

wzkchem5 发表于 2020-12-14 10:53
参见http://sobereva.com/414

谢谢您的回答！
我初步用里面提到的geom=connectivity关键词在Gaussview下查看确实没有显示成键，但是由于还没有用过Multiwfan,想要用其进一步判断可能需要一点时间，所以先感谢一下您的回答！

作者
Author: biogon 时间: 2020-12-14 16:13

lyt0226 发表于 2020-12-14 15:59
谢谢您的回答！
我初步用里面提到的geom=connectivity关键词在Gaussview下查看确实没有显示成键，但是由 ...

gv是否显示与实际成键关系没关系，他显示不显示都不影响实际的成键关系

作者
Author: lyt0226 时间: 2020-12-14 16:38

biogon 发表于 2020-12-14 16:13
gv是否显示与实际成键关系没关系，他显示不显示都不影响实际的成键关系

恩恩！谢谢
您说的意思明白了，但是因为我研究的是质子迁移，现在就是想要准确的判断质子在迁移后是否与目的C原子成键，当然，不是说的gview中直接观察到的显示成键

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-14 19:08
能力正常的人，撑死了5分钟就能学会怎么用Multiwfn计算键级，手册4.9节的例子、《谈谈原子间是否成键的判断问题》（http://sobereva.com/414）第2节的例子都写得没法更容易理解。不要绕弯路。

作者
Author: lyt0226 时间: 2020-12-14 19:57

sobereva 发表于 2020-12-14 19:08
能力正常的人，撑死了5分钟就能学会怎么用Multiwfn计算键级，手册4.9节的例子、《谈谈原子间是否成键的判断 ...

好的，明白！非常感谢！

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