计算化学公社

标题: 能量最小化后的em_potential.xvg文件打开不显示曲线 [打印本页]

作者
Author: 胡枝子 时间: 2020-12-14 10:26
标题: 能量最小化后的em_potential.xvg文件打开不显示曲线
求助，在做一个酶和乙酰辅酶A配体复合物的gromacs模拟时，能量最小化后生成的xvg文件打开可视化显示时，没有曲线，是对接好的复合物结构特别不稳定吗？还是别的什么原因呢？

最小化程序运行结果为：

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to Fmax < 500 in 2353 steps
Potential Energy  = -5.1031288e+05
Maximum force    =  4.8551080e+02 on atom 1031
Norm of force    =  1.0012955e+01

GROMACS reminds you: "I do not believe continuum electrostatics" (Arieh Warshel, Nobel lecture 2013)

作者
Author: eagletyr 时间: 2020-12-14 18:51
最好打开你所谓的.xvg文件看看有没有内容

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-14 19:16
都已经收敛了，你看xvg干嘛，直接跑MD就完了。本身在em过程中能量变化也会直接显示在屏幕上。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)