计算化学公社

标题: ORCA4.2并行计算的错误 [打印本页]

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-12-14 17:47
标题: ORCA4.2并行计算的错误

最近在一台ubuntu18.04电脑上安装openmpi314和ORCA4.2，按照社长的帖子《量子化学程序ORCA的安装方法》（http://sobereva.com/451）进行安装（以前安装过很多次，均成功）。本次安装也没遇到什么问题，但是在运行的时候出现下面的错误：

/home/wanlichuan/orca420/orca_gtoint_mpi:error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared objectfile: No such file or directory

我查了，明明有libmpi.so.40这个文件，用find命令可以找到，并且也在.bashrc文件中定义了位置：

export PATH=$PATH:/home/wanlichuan/openmpi314/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/wanlichuan/openmpi314/lib

串行计算是没问题的，一并行就出现上述错误。

在咱们论坛上搜了相关的帖子，其中的方法都试了，无法解决。

想不明白到底是哪里出了问题。请高手指教。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-12-14 17:58
which mpiexec的结果是什么？

环境变量改成这样比较好，因为左边优先

export PATH=/home/wanlichuan/openmpi314/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/wanlichuan/openmpi314/lib:$LD_LIBRARY_PATH

复制代码

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-12-14 18:15

hebrewsnabla 发表于 2020-12-14 17:58
which mpiexec的结果是什么？

环境变量改成这样比较好，因为左边优先

which命令的结果：
which mpiexec
home/wanlichuan/openmpi314/bin/mpiexec

我试过这么写环境变量，也是不行。
谢谢答复。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-14 19:01
运行echo $LD_LIBRARY_PATH看到底这个环境变量里有没有/home/wanlichuan/openmpi314/lib。没有的话说明没严格按照我博文操作

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-12-14 19:03
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-12-14 19:04 编辑

遇到过一次类似报错（不确定完全一样）是编译openmpi的时候-prefix填写的路径不对，用正确的配置重新编译openmpi解决，不知道是什么原理。

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-12-14 20:42
本帖最后由 wanlichuan 于 2020-12-14 21:05 编辑

sobereva 发表于 2020-12-14 19:01
运行echo $LD_LIBRARY_PATH看到底这个环境变量里有没有/home/wanlichuan/openmpi314/lib。没有的话说明没严 ...

运行echo $LD_LIBRARY_PATH后，我看到的环境变量里有/home/wanlichuan/openmpi314/bin，没有/home/wanlichuan/openmpi314/lib。
我想也许原来把环境变量写反了，于是把原来的环境变量改为：
export PATH=$PATH:/home/wanlichuan /openmpi314/lib 【原来是bin】
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/wanlichuan/openmpi314/bin 【原来是lib】
这次运行echo $LD_LIBRARY_PATH后，看到的环境变量里有/home/wanlichuan/openmpi314/lib了【没有/home/wanlichuan/openmpi314/bin了】
结果运行ORCA任务后出现了下面的错误：
sh: 1: mpirun: not found
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

我又看了看原来安装成功的电脑，运行echo $LD_LIBRARY_PATH后，环境变量里确实有/home/wanlichuan/openmpi314/lib 【没有/home/wanlichuan/openmpi314/bin】。
这是openmpi安装有问题呢还是环境变量设置有问题？

谢谢社长。

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-12-14 20:44

liyuanhe211 发表于 2020-12-14 19:03
遇到过一次类似报错（不确定完全一样）是编译openmpi的时候-prefix填写的路径不对，用正确的配置重新编译op ...

我重装了一遍，确认--prefix后面的路径没问题。
谢谢回复。

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-12-14 21:14
本帖最后由 thanhtam 于 2020-12-14 21:21 编辑

wanlichuan 发表于 2020-12-14 20:42
运行echo $LD_LIBRARY_PATH后，我看到的环境变量里有/home/wanlichuan/openmpi314/bin，没有/home/wanlic ...

这可能说明你的bashrc里面其他地方犯了某个低级错误

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-12-14 21:36

thanhtam 发表于 2020-12-14 21:14
这可能说明你的bashrc里面其他地方犯了某个低级错误

真是没想到，这个电脑上我先装的gaussian，后装的orca，在写环境变量的时候，顺手就把openmpi和orca的环境变量拷在gaussian的前面了。受您的启发，仔细查看.bashrc文件，发现了这个问题。赶紧把后安装的openmpi和orca的环境变量拷到gaussian的后面，成功！
多谢多谢。

作者
Author: gog 时间: 2021-1-22 08:51
这个版本匹配openmpi有些问题，先退回到低版本用着

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