计算化学公社

标题: 求助，lammps怎样计算某一方向上的密度分布 [打印本页]

作者
Author: L4Bo2 时间: 2020-12-15 10:36
标题: 求助，lammps怎样计算某一方向上的密度分布
如题，怎样计算z方向上原子的密度分布？

作者
Author: szw236 时间: 2020-12-16 20:01
提供一个思路：compute chunk/atom bin/1d 命令将z方向分成等体积区域，再用fix ave/chunk density/numbers输出区域的密度值，最后处理导出的文件

作者
Author: L4Bo2 时间: 2020-12-17 12:03

szw236 发表于 2020-12-16 20:01
提供一个思路：compute chunk/atom bin/1d 命令将z方向分成等体积区域，再用fix ave/chunk density/numbers ...

谢谢，我试一试

作者
Author: 李思玫 时间: 2023-5-13 10:26
请问学长解决了么，compute achunk Os chunk/atom bin/1d z lower 0.5 units reduced
fix a Os ave/chunk 10 5 100 achunk density/number norm sampel file Os1-density.profil
我在计算原子密度的时候一直报错说我们fix ave/chunk书写错误，这是我的命令，我想在z方向上分成两段分别计算两段的原子密度分布，现在就是有两个问题，一个是会报错说书写不对，还有一个就是我的是lower 0.5 将units分成里两段，怎么分别将两部分的原子密度分布输出呢，计算在z方向上O原子的数量。

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2023-5-15 10:56

李思玫发表于 2023-5-13 10:26
请问学长解决了么，compute achunk Os chunk/atom bin/1d z lower 0.5 units reduced
fix a Os ave/chunk ...

Calculation of 1D and 2D densities in VMD: A flexible and easy-to-use code
推荐vmd的tcl脚本，使用这篇论文的方法简单上手容易，记得引用这位大佬的论文，当然觉得好用也给我点个赞，有不会用也可以问我，后续出一个pdf的小白教程。

作者
Author: jiushizhege 时间: 2024-4-14 21:43

mengxiangidea 发表于 2023-5-15 10:56
Calculation of 1D and 2D densities in VMD: A flexible and easy-to-use code
推荐vmd的tcl脚本，使用 ...

您好可以发一下pdf教程嘛

作者
Author: lysss 时间: 2024-4-23 17:17

mengxiangidea 发表于 2023-5-15 10:56
Calculation of 1D and 2D densities in VMD: A flexible and easy-to-use code
推荐vmd的tcl脚本，使用 ...

您好，可以发一下pdf教程么，感谢

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